複数の出力ファイルから不要なデータを削除する必要があります。各ファイルの一部は次のようになります。
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:18697:4431_2:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# 0 hits found
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_1:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# Fields: subject title, query acc., subject acc., evalue, q. start, q. end, s. start, s. end
# 1 hits found
FJ712717_(modified) Trypanosoma brucei brucei from mouse 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, complete sequence; and 5.8S ribosomal RNA gene, partial sequence M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_1:N:0:196 FJ712717_(modified) 1.42e-137 1 271 53 323
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_2:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# Fields: subject title, query acc., subject acc., evalue, q. start, q. end, s. start, s. end
# 1 hits found
FJ712717_(modified) Trypanosoma brucei brucei from mouse 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, complete sequence; and 5.8S ribosomal RNA gene, partial sequence M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_2:N:0:196 FJ712717_(modified) 1.06e-87 1 197 436 236
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:10339:5290_1:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# 0 hits found
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:10339:5290_2:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# 0 hits found
最初の4行は1つの出力結果を表す
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:7647:16266_2:N:0:215
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# 0 hits found
ヒット数が0である出力結果、つまり上記の4行すべてを削除する必要があります。
結果が「1件ヒットしました」の場合、2行追加されています。6行目は「#」記号で始まっていません。
grep -B
これを行うコマンドは何ですか? 期待される出力は、以下のように「1件のヒットが見つかりました」という結果のみのファイルです。
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_1:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# Fields: subject title, query acc., subject acc., evalue, q. start, q. end, s. start, s. end
# 1 hits found
FJ712717_(modified) Trypanosoma brucei brucei from mouse 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, complete sequence; and 5.8S ribosomal RNA gene, partial sequence M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_1:N:0:196 FJ712717_(modified) 1.42e-137 1 271 53 323
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_2:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# Fields: subject title, query acc., subject acc., evalue, q. start, q. end, s. start, s. end
# 1 hits found
FJ712717_(modified) Trypanosoma brucei brucei from mouse 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, complete sequence; and 5.8S ribosomal RNA gene, partial sequence M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:26276:5181_2:N:0:196 FJ712717_(modified) 1.06e-87 1 197 436 236
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:11481:5777_1:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# Fields: subject title, query acc., subject acc., evalue, q. start, q. end, s. start, s. end
# 1 hits found
JN673389_(modified) Trypanosoma congolense isolate TS07210 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:11481:5777_1:N:0:196 JN673389_(modified) 2.04e-105 1 231 23 253
# BLASTN 2.3.0+
# Query: M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:11481:5777_2:N:0:196
# Database: /home/alex/blast/db/tryps_ITS/tryps_ITS_db
# Fields: subject title, query acc., subject acc., evalue, q. start, q. end, s. start, s. end
# 1 hits found
TCU22315_(modified) Trypanosoma congolense IL1180 18S, 5.8S, 28S-LS1, srRNA1, complete sequence, and 28S-LS2 ribosomal RNA, partial sequence M03117:99:000000000-ALL7G:1:1101:11481:5777_2:N:0:196 TCU22315_(modified) 1.40e-75 1 156 1176 1021
答え1
次のように、を使用tac
してファイルの行を逆にし、 を使用して一致するパターンを含む行を含む、一致するパターンの前の 3 行を削除することができます。sed
tac filename | sed '/0 hits/I,+3 d' | tac
ファイルをその場で編集したい場合は、コマンド-i
で次のようなオプションを使用できます。sed
tac filename | sed -i '/0 hits/I,+3 d' filename | tac