次のようなファイルがあります:
VLLKHCGRMRRFLIRNLRSFLSHISLNTLKSQESKV
LLSSQAKMYFSLRENFYLEGGIETTFVPSGEVYSRSFLKGISRI
LNPNALPTSPISENWVMVRPIVAQISLRRMTPSAIGAQTEMA
MKLELLLAFKYLIPKRKRLSSSIVSAFSMGIVALVVWLSVVFMSVIHGLQQRWVGDLASLHSSIRIEPSDKYYESYYYQIDSHAEASQYIYKTIGEKLLCEQTDPYDPDVDFLLPEAFPDPEFSDNGEMIDPVRTANERMLSLFSSRKGSFVEFEEGMGHVHMDRAFRGHKGEPRALSQYIAYSSDILYQQRMLPFEETDYSTEVLNRFNASSEGWLADFLVLQEKFRGMSVILPVVYRDQGYRVGDTASLSVFSVKKEGEVRFPLRVIGFYNPGVSPFGGKTIFIDKELAASIRSESEGLGMHNGWQVFLPSVQDIPVMKQSIQKIFKESEVSSYWEISSLYDYEFFKPILDQLQSDQVLFSIVSFIVLIVACSNIVTMSILLVNNKKKEIGILKAMGVSSSRLQLVFGLCGACSGLVGALLGSILAALTLKNLGILTHWLSKLQGREAFNPSFFGEQLPQDFHLPTVICLSLGALVLAAISGAIPAQHVARMQVSDILKSE
MVILVEAKHISKVIQQQDVCIPILKDVSFQLHAGEVVAITGASGSGKSSLLHLLGTLDQPSSGQILFFGKQVRREELPIFRNCRIGFIFQNFYLLEDDSVINNVLMPAQIARKDTGQKSKARERALALLESVGLVDRRDEKGSLLSGGEKQRVAIARALMNDPEIVLADEPSGNLDHRTADTIHELLLALAEKHRGVLIVTHDRELAEKCHREEILRDGTLMQRQ
LKDTVTPNYHPGMIRRFRPLTQTSTRSGYHKSE
LHVSCLEWLSMITFTRTPLRIAWARAKKNSGLKKIYIKTKILSVAWLIAFKIIFDAALGIKRWIGM
LADPVTTVWKSANIVFLCWRVLPLVRRKTTLEF
LARRRSGSFRGGRRSVFGSLVFSLGSGEHLLGDGY
VGARVRIDANRLSIPSMIVFIANNRRGLWVTIPF
VEEVGSGGLKRSLYFKEEEPCTLITLRSWLEKKET
1ファイルの各行を、元のファイルの行番号 ( 、、など)2を名前にした独自のファイルに保存します3。また、各シーケンスの前に、 で始まり行番号が続く行を追加する必要があります>。
つまり、次1.txtのようになります。
>1
VLLKHCGRMRRFLIRNLRSFLSHISLNTLKSQESKV
および 2.txt:
>2
LLSSQAKMYFSLRENFYLEGGIETTFVPSGEVYSRSFLKGISRI
などなど。どうすればいいでしょうか？
答え1
次のように使用できますawk:
awk '{print > NR".txt"}' file
NRは の現在の行番号なのでawk、上記のコマンドは、各行を現在の行番号に を加えた名前のファイルに出力します.txt。
シーケンスの先頭に を追加したい場合は>、次のようにします。
awk '{print ">"$0 > NR".txt"}' file
正しい FASTA 形式 (各シーケンスの前に で始まる行>とシーケンス名が続く) が必要な場合は、次のようにします。
awk '{printf ">%s\n%s\n",NR,$0 > NR".txt"}' file
次のようなファイルが生成されます:
$ cat 3.txt
>3
LNPNALPTSPISENWVMVRPIVAQISLRRMTPSAIGAQTEMA