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awk を使用して新しいファイルを作成すると、特定の 1 つの列を使用するときに問題が発生しますが、何が間違っているのかわかりません。

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awk を使用して新しいファイルを作成すると、特定の 1 つの列を使用するときに問題が発生しますが、何が間違っているのかわかりません。

このファイルを使用しようとしています...

    MT      200610-1        100     2757
    MT      200610-10       100     6753
    MT      200610-100      100     15173

列 1、2、4 を使用して、次のような新しいファイルを作成したいです...

    chrMT   2756    2757    200610-1
    chrMT   6752    6753    200610-10
    chrMT   15172   15173   200610-100

最初の 3 つだけをこのように実行すればうまくいきます。

awk 'BEGIN{FS=="\t";OFS=="\t"}{print "chr"$1,$4-1,$4}' test_ace_geno1.map
    chrMT 2756 2757
    chrMT 6752 6753
    chrMT 15172 15173

最後に 2 列目を追加しようとすると、奇妙なことが起こります...

awk 'BEGIN{FS=="\t";OFS=="\t"}{print "chr"$1,$4-1,$4,$2}' test_ace_geno1.map
     200610-16 2757
     200610-10 6753
     200610-100 15173

セットリストを使用して vim を実行すると、通常のタブとして表示されるため、全体を台無しにしているその列で何が起こっているのかわかりません。

    MT^I200610-1^I100^I2757$
    MT^I200610-10^I100^I6753$
    MT^I200610-100^I100^I15173$

答え1

dosスタイル行末付き:

$ cat -e ip.txt 
    MT      200610-1        100     2757^M$
    MT      200610-10       100     6753 ^M$
    MT      200610-100      100     15173^M$

$ awk 'BEGIN{FS=="\t";OFS=="\t"}{print "chr"$1,$4-1,$4}' ip.txt 
chrMT 2756 2757
chrMT 6752 6753
chrMT 15172 15173

$ awk 'BEGIN{FS=="\t";OFS=="\t"}{print "chr"$1,$4-1,$4,$2}' ip.txt 
 200610-16 2757
chrMT 6752 6753 200610-10
 200610-100 15173

スタイルの行末と必要な出力のperl両方を処理するには、次のようにします。dos

$ perl -lane 'print "chr$F[0]\t", $F[3]-1, "\t$F[3]\t$F[1]"' ip.txt 
chrMT   2756    2757    200610-1
chrMT   6752    6753    200610-10
chrMT   15172   15173   200610-100

では、まずawk行末をスタイルに変更し、可能な場合は で変更するか、unixdos2unixperl

$ perl -i -pe 's|\r\n|\n|' ip.txt 
$ cat -e ip.txt 
    MT      200610-1        100     2757$
    MT      200610-10       100     6753 $
    MT      200610-100      100     15173$

その後

$ awk -v OFS='\t' '{print "chr"$1,$4-1,$4,$2}' ip.txt 
chrMT   2756    2757    200610-1
chrMT   6752    6753    200610-10
chrMT   15172   15173   200610-100

または、 を使ってGNU awk、入力レコードをDOS形式の行末処理するように設定する

gawk -v RS='\r\n' -v OFS='\t' '{print "chr"$1,$4-1,$4,$2}' ip.txt

答え2

ステートメント内のすべてをprint希望の形式で入力し、減算などの必要な操作$NF - 1も実行します。

awk '{print "chr" $1, ($NF - 1), $NF, $2}' file.txt

$4ここではの代わりにを使用することもできます$NFが、4 番目のフィールドが最後のフィールドであるため、両方とも同じフィールドを指すことになります。

例：

% awk '{print "chr" $1, ($NF - 1), $NF, $2}' file.txt 
chrMT 2756 2757 200610-1
chrMT 6752 6753 200610-10
chrMT 15172 15173 200610-100

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