Ich habe Datendateien in Form von Paaren, z. B. Sample_27931_RNAX_R1.fastq.gz und FASTQ/Sample_27931_RNAX_R2.fastq.gz gehören zu einer Stichprobe. Unten habe ich die Daten für 3 Stichproben gezeigt, jede mit den Paaren R1 und R2.
Um die Analyse auszuführen, erstelle ich eine Liste mit den Pfaden separat. Liste1 enthält also alle R1 und Liste2 alle R2.
Hier ist die Liste1 für 3 Beispiele
$TMPDIR/FASTQ/Sample_27931_RNAX_R1.fastq.gz
$TMPDIR/FASTQ/Sample_28891_RNAX_R1.fastq.gz
$TMPDIR/FASTQ/Sample_28897_RNAX_R1.fastq.gz
Hier ist die Liste2 für 3 Beispiele
$TMPDIR/FASTQ/Sample_27931_RNAX_R2.fastq.gz
$TMPDIR/FASTQ/Sample_28891_RNAX_R2.fastq.gz
$TMPDIR/FASTQ/Sample_28897_RNAX_R2.fastq.gz
Ich möchte für jedes Sample (insgesamt 3) Konfigurationsdateien erstellen. Die Konfigurationsdatei muss für jedes Sample separat erstellt werden.
Beispiel: Unten finden Sie eine Beispielkonfigurationsdatei:
**fastq1 = $TMPDIR/FASTQ/Sample_27931_RNAX_R1.fastq.gz**
**fastq2 = $TMPDIR/FASTQ/Sample_27931_RNAX_R2.fastq.gz**
mailto = [email protected]
thread_no = 8
detect_integration = yes # if no is provided, VirusFinder will not detect virus integrations
detect_mutation = no # if no is provided, VirusFinder will not detect viral mutations
Die Parameter fastq1 und fastq2 müssen mithilfe der Pfade aus list1 und list2 geändert werden, der restliche Inhalt bleibt jedoch gleich. Wie erstelle ich mehrere Konfigurationsdateien mithilfe von list1 und list2? Der Name der Konfigurationsdateien sollte automatisch aus dem Namen der Probe übernommen werden, z. B. Sample_27931_RNAX.config.txt für Sample_27931_RNAX. Alle Vorschläge oder Links zu ähnlichen Beiträgen sind willkommen. Ich konnte keine ähnlichen Beiträge finden.
Danke,
Ron
Antwort1
#!/bin/bash
while IFS= read -r samp1; do
b=${samp1%_R1.fastq.gz} samp2=${b}_R2.fastq.gz
cat - <<eof > "${b##*/}.cfg"
**fastq1 = $samp1**
**fastq2 = $samp2**
mailto = [email protected]
thread_no = 8
detect_integration = yes # if no is provided, VirusFinder will not detect virus integrations
detect_mutation = no # if no is provided, VirusFinder will not detect viral
eof
done < LIST1
Beachten Sie, dass List2 eigentlich nicht erforderlich ist, da wir den Namen des zweiten Beispiel-Fastq aus dem ersten selbst übernehmen können.