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Extrahieren Sie die ersten beiden Teile jeder Zeile mit awk

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Extrahieren Sie die ersten beiden Teile jeder Zeile mit awk

Ich habe eine durch Leerzeichen getrennte Datei, die so aussieht:

0   22:16050847:T:C 0   16050847
0   rs62224609:16051249:T:C 0   16051249
0   22:16051250:G:A 0   16051250
0   GSA-rs138295790 0   16057310

Wie kann ich die zweite Spalte ändern, sodass ich nur die ersten beiden Teile extrahiere? Meine Ausgabe soll folgendermaßen aussehen:

0   22:16050847 0   16050847
0   rs62224609:16051249 0   16051249
0   22:16051250 0   16051250
0   GSA-rs138295790 0   16057310

Antwort1

KurzawkAnsatz:

awk '{split($2,a,":"); $2=(length(a)>1)? a[1]":"a[2] : $2}1' file

Die Ausgabe:

0 22:16050847 0 16050847
0 rs62224609:16051249 0 16051249
0 22:16051250 0 16051250
0 GSA-rs138295790 0 16057310
  • split($2,a,":")- Teilen Sie das 2. Feld adurch Trennzeichen in ein Array auf:

Antwort2

Wenn Sie GNU awk haben:

gawk '{split($2,a,/[:-]/,c); $2 = sprintf("%s%c%s", a[1], c[1], a[2])} 1' file
0 22:16050847 0 16050847
0 rs62224609:16051249 0 16051249
0 22:16051250 0 16051250
0 GSA-rs138295790 0 16057310

Antwort3

Mit perl:

perl -lpe 's/^\S+\s+[^:]+:[^:]+\K\S+//' file

Mit GNU sed:

sed -E ':t s/:\w+//2; tt' file

Ausgabe:

0   22:16050847 0   16050847
0   rs62224609:16051249 0   16051249
0   22:16051250 0   16051250
0   GSA-rs138295790 0   16057310

Antwort4

Schlag:

while read -r f1 f2 rest; do
   printf '%s' "$f1" "$(expr " $f2" : '\([^:]*:[^:]*\).*' \| " $f2")" "$rest"; echo
   # the lone echo provides for the newline
done < yourfile

readteilt die Felder in $f1, auf $2und alle übrigen werden in zusammengefasst . Dann extrahieren wir $restim zweiten Feld , das erste und zweite durch Doppelpunkte getrennte Feld. Wenn dies nicht möglich ist, verwenden wir am Ende die Variable selbst.$f2expr$f2

Sed:

sed -e '
   s/[^[:space:]]\{1,\}/\
&\
/2
   :loop
      s/\n\(.*:.*\):.*\n/\n\1\n/
   tloop
   s/\n//g
' yourfile

Wir umhüllen zuerst das zweite Feld mit \nund führen dann eine Schleife um diesen Bereich aus, bis nur noch zwei Felder (oder ein Feldtrennzeichen) übrig sind.

Perl:

perl -pe 's/\G[^:\h]+:[^:\h]+\K\S+//,next while /\S\h+\S/g' yourfile

perl -pe 's/^\h*\S+\h+(?:(?!:)\S)+:(?:(?!:)\S)+\K\S+//' yourfile

perl -F'(\h+)' -lane '
   /:/ and $_ = join ":", (/[^:]+/g)[0,1] for $F[/^\h/?4:2];
   print @F;
' yourfile

Ergebnis

0   22:16050847 0   16050847
0   rs62224609:16051249 0   16051249
0   22:16051250 0   16051250
0   GSA-rs138295790 0   16057310

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