ich benutzeClustalXum einige ungewöhnlich große Sequenzen auf meinem Desktop zu Hause auszurichten, dauert dies mehr als eine Woche und liegt weit unter der maximalen Kapazität der Maschine.
Das top | grep clustalxErgebnis ist folgende
5985 @Benutzername 0 -20 1971048 105428 9012 R 99,9 2,7 5829:27 Clusterx
Es zeigt, dass die CPU-Auslastung ~100 und die Speicherauslastung ~3% RAM beträgt. Aber der Systemmonitor sagt etwas anderes,
Auf dem Bild laufen 2 CPU-Kerne auf Maximum, das liegt daran, dass ich Firefox und den Systemmonitor verwende, ansonsten ist es nur einer. Ich habe auch die Priorität von Clustalx auf eingestellt Very high, aber ich konnte keine nennenswerte Verbesserung erkennen.
Was sollte ich noch tun, damit mehr CPU und RAM genutzt werden? Alle Vorschläge sind hilfreich.
Durchschnittliche Auslastung ~2,7 (wenn ich auch andere Programme verwende)
Ich habe den folgenden Beitrag dazu gesehen, aber er beantwortet meine Frage nicht:
So erhöhen Sie die CPU-Auslastung [geschlossen]
Systemspezifikationen:
Ubuntu 64 Bit 14.04 LTS auf 154 GB HDD-Partition, 4 GB RAM, Intel Core i3-4130 CPU @ 3,40 GHz × 4 Prozessor und 10 GB Swap.
Programmspezifikation: ClustalX für Linux – Wird zur biologischen Sequenzausrichtung verwendet.
Um festzustellen, ob mein Programm 32/64 Bit ist, habe ich verwendet
find /usr/bin/clustalx
/usr/bin/clustalx: ELF 64-Bit-LSB-ausführbare Datei, x86-64, Version 1 (SYSV), …
Antwort1
Einfach: Führen Sie Ihr Programm so oft aus, wie Sie Kerne haben ...
Dasselbe mache ich, um Videos in mehrere Formate zu transkodieren: Nicht alle Video-Encoder unterstützen mehrere Kerne/CPUs, daher führe ich eine Video-Encore für eine Auflösung auf einem Kern aus und die andere (mit unterschiedlichen Befehlszeilenparametern) auf einem anderen Kern.
Rezensenten mit geringer Qualität:Einige komplexe Probleme haben äußerst einfache Lösungen.
Antwort2
Demzufolge:
https://www.biostars.org/p/44231/
es hört sich an, als ob Clustalx nur einen Kern hat und Sie Clustal Omega oder Mafft verwenden müssen.