☰

Wie benenne ich Dateien im Stapel mit dem Unix-Umbenennungsbefehl um?

tag-icon • tag-icon linux unix perl rename
Wie benenne ich Dateien im Stapel mit dem Unix-Umbenennungsbefehl um?

Ich habe Dateien, deren Namen so aussehen:

Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.indel.novoalign.sam
Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.indel.bwa.sam

indelIch möchte alle durch snpin den Namen ersetzen, was zu folgendem Ergebnis führt:

Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.snp.novoalign.sam
Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.snp.bwa.sam

Aber warum funktioniert dieser Unix-Befehl nicht?

$ rename 's/indel/snp/' *.sam

Antwort1

Weil Sie das falsche Umbenennungsprogramm verwenden. Das ist das Richtige.

Antwort2

Das „normale“ renameDienstprogramm (Teil von util-linux) verwendet 3 oder mehr Argumente (wie in TFM erwähnt.)

rename FROM TO filespec...

Sie suchen also (wahrscheinlich) nach:

rename .indel. .snp. *.sam

Testen Sie dies zuerst in einem Scratch-Verzeichnis, da Sie möglicherweise eine andere Implementierung von verwenden rename.

Oder sehen Sie auf der Manpage nach. Husten

Antwort3

ls -1 | while read item
do
  mv $item $(echo $item|sed -e s/.indel./.snp./g);
done

Antwort4

renameführt keine sedSubstitutionen im -Stil durch. Dieses sehr kurze Perl-Skript ermöglicht Ihnen Folgendes regmv *.sam s/indel/snp/:

#!/usr/bin/perl -w
#
# regmv - Rename files using a regular expression
#
# This program renames files by using a regular expression to
# determine their new name.
#
# Usage: regmv file [file ...] regexp
#
# $Id: regmv,v 1.1 1998/10/14 17:07:55 blrfl Exp $
#

sub at_clean()
{
    my $message = $@;
    $message =~ s|\s+at /.*$||s;
    return $message;
}

(@ARGV > 1)
    || die "Usage: regmv [options] file [file ...] regexp\n";

my $expr = pop @ARGV;

$_ = 'SomeValue';
eval "\$_ =~ $expr";
die "Yuck: " . at_clean() if $@;

foreach (@ARGV)
{
    my $old = $_;

    eval "\$_ =~ $expr";

    next if $_ eq $old;

    (rename $old, $_)
        || die "Rename failed: $!\n";
}

verwandte Informationen