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Bitte haben Sie Geduld mit mir, ich fange gerade erst an, sowohl virtuelle Maschinen als auch Linux zu verwenden.
Ich habe Probleme bei der Installation von BWA (Verknüpfung) auf meiner virtuellen Linux-Maschine. Ich habe mehrere Methoden ausprobiert, die umfassendsten Anweisungen, die ich gefunden habe, stammen von der medizinischen Abteilung beiCornell, aber wahrscheinlich verstehe ich falsch, was sie von mir wollen.
Ich habe die neueste Version 0.7.9a von Sourceforge heruntergeladen und in einen Ordner in meinem Home-Verzeichnis verschoben. Der Pfad zur Datei lautet:
/home/jp/bwa/bwa-0.7.9a.tar.bz2
Anschließend habe ich die Datei entpackt:
bunzip2 bwa-0.7.9a.tar.bz2
und dann die Datei entpackt:
tar xvf bwa-0.7.9a.tar
Dann bin ich in das neue Verzeichnis gegangen, das ich erstellt habe:
cd bwa-0.7.9a
Ich habe dann den "Make-Befehl" verwendet
make
Und hier bleibe ich hängen:
Das Terminal druckt diesen Fehler:
jp@jp-VirtualBox:~/bwa$ cd bwa-0.7.9a
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$ dir
bamlite.c bwase.c bwtsw2_aux.c kopen.c NEWS.md
bamlite.h bwase.h bwtsw2_chain.c kseq.h pemerge.c
bntseq.c bwaseqio.c bwtsw2_core.c ksort.h QSufSort.c
bntseq.h bwtaln.c bwtsw2.h kstring.c QSufSort.h
bwa.1 bwtaln.h bwtsw2_main.c kstring.h qualfa2fq.pl
bwa.c bwt.c bwtsw2_pair.c ksw.c README.md
bwa.h bwtgap.c ChangeLog ksw.h utils.c
bwa-helper.js bwtgap.h COPYING kthread.c utils.h
bwamem.c bwt_gen.c example.c kvec.h xa2multi.pl
bwamem_extra.c bwt.h fastmap.c main.c
bwamem.h bwtindex.c is.c Makefile
bwamem_pair.c bwt_lite.c kbtree.h malloc_wrap.c
bwape.c bwt_lite.h khash.h malloc_wrap.h
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$ make
gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS utils.c -o utils.o
utils.c:33:18: fatal error: zlib.h: No such file or directory
#include <zlib.h>
^
compilation terminated.
make: *** [utils.o] Error 1
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$
Ich bin nicht sicher, wie ich mit diesem Fehler umgehen soll. Könnt ihr mir einen Hinweis geben, was zu tun ist?
Eine zweite Frage, die ich habe, betrifft die nächsten Schritte in den Anweisungen auf der Cornell-Website. Dort heißt es:
"Fügen Sie bwa zu Ihrem PATH hinzu, indem Sie ~/.bashrc bearbeiten und hinzufügen
export PATH=$PATH:/path/to/bwa-0.5.9"
Ich habe .bashrc in meinem Home-Verzeichnis gefunden (ich kann es anzeigen, indem ich ls -a in der Befehlszeile oder Strg+H im Explorer verwende). Ich bin nicht sicher, wie ich die Datei bearbeiten muss, um die entsprechende Codezeile einzufügen. Füge ich sie also einfach irgendwo in die Datei ein?
Ich habe ihre Anweisungen so interpretiert, dass ich etwas hinzufügen sollte wie
export PATH=$PATH:/home/jp/bwa/bwa-0.7.9a
Aber ich bin nicht sicher, ob das richtig ist.
Ich habe eine viel frühere Version (0.5) mit dem folgenden Befehl installiert.
get-apt install bwa
ich möchte jedoch keine veraltete Version dieses Programms verwenden.
Ich wäre Ihnen für jede Hilfe, die Sie mir geben könnten, sehr dankbar.
Danke,
Betriebssystem des Hostcomputers: Windows 7 Home Premium (64 Bit) (Service Pack 1)
Software der virtuellen Maschine: Oracle VirtualBox Version 4.3.12
Betriebssystem des Gastcomputers: Ubuntu 14.02 (32 Bit (ich konnte das 64-Bit nicht zum Laufen bringen)
Antwort1
Es sieht so aus, als ob Ihnen die ZLIB-Headerdateien fehlen.
Versuchen:
sudo apt-get install zlib1g-dev
Oder vielleicht:
sudo apt-get install zlib-dev
Die erste sollte die richtige sein, aber ich habe keine Ubuntu-Maschine, auf der ich sie testen könnte.
Hoffe, das behebt Ihr Problem!
BEARBEITEN
Eine Ubuntu-VM wurde erstellt und überprüft, dasssudo apt-get install zlib1g-devist der richtige Befehl.