PyMOL hat ein Plugin namens APBS Tool (http://www.pymolwiki.org/index.php/Apbsplugin), das drei verschiedene Dateieingaben erfordert:
- APBS-Binärdatei (apbs.exe)
- APBS psize.py-Datei
- PDB2PQR pdb2pqr.py-Datei
Ich habe APBS installiert und habe sowohl apbs.exe als auch psize.py in meinem C:\APBS-Verzeichnis. PDB2PQR ist das Problem, ich habe heruntergeladenhttp://sourceforge.net/projects/pdb2pqr/files/latest/download(Version 2.0.0 für 64-Bit-Windows) extrahierte seinen Inhalt und konnte keine pdb2pqr.py-Datei im extrahierten Verzeichnis finden. Ich habe auch versucht, pdb2pqr 1.8.0 Tarball (.tar.gz) herunterzuladen und seinen Inhalt zu extrahieren, da ich auf einer Mailingliste für PyMOL-Benutzer darüber informiert wurde, dass es eine pdb2pqr.py-Datei enthalten sollte und möglicherweise kompatibler mit PyMOL ist. Aber dieser Tarball ist der Quellcode und muss kompiliert werden, was meines Wissens unter Windows 7 nicht möglich ist.
Antwort1
http://www.poissonboltzmann.org/
Dies wäre Ihre produktivste Methode, eine Antwort zu erhalten, indem Sie mit dem technischen Hilfebereich und Support chatten. Was das Kompilieren unter Windows 7 betrifft, ja, es ist möglich, solange Sie den KOMPLETTEN Quellcode und die Kompilierungsroutinendatei haben.
Möglicherweise tritt ein Fehler in der Software auf, weil Windows 7 unsignierte Treiber NICHT akzeptiert. Außerdem installieren Sie die Software nicht im Stammverzeichnis, was keine gute Idee ist, da Windows 7, 8 usw. Sperren für Installationen älterer Typen im Stammverzeichnis haben.
Ich persönlich würde eine Änderung an der Installation in Betracht ziehen und prüfen, ob Sie die Installation im Hauptverzeichnis der Programmdateien oder in den Programmdateien x86 erreichen, wenn es sich um 32-Bit-Software handelt.
Möglicherweise müssen Sie die Sicherheitsfunktionen des Laufwerks ändern, damit die Installation durchgeführt werden kann. Lesen Sie die Microsoft-Hinweise dazu, bevor Sie fortfahren, und überprüfen Sie den Code vor dem Kompilieren noch einmal. Wenn es sich um ein Linux-/Unix-Server-basiertes System handelt, kann eine virtuelle Dual-Installation auf einem Ubuntu-Server für Sie von Nutzen sein.
Dies sind allgemeine Informationen, da ich keine Kenntnisse über die Verwendung oder das Dateisystem habe, auf das sich die Frage bezieht, und sie sollten als Ratschlag verstanden werden. Wenn Sie Zweifel haben, wenden Sie sich an den Hersteller und lassen Sie sich dort immer zuerst helfen.