„Zeile 3: Syntaxfehler in der Nähe eines unerwarteten Tokens“ in einem Shell-Skript

Question

Ich versuche mehrmals, eine ausführbare Datei mit Parametern auszuführen. Ich habe ein Skript dafür geschrieben. Aber ich erhalte immer einen Fehler und weiß nicht, wie ich ihn beheben kann.

#!/bin/bash

export VCF_FILE='KI_subsetted.recode.vcf'
for i in $(seq 22) do; /home/lab/Desktop/vcftools_0.1.13/bin/vcftools --vcf $VCF_FILE --chr i --out ./by_chrs_komi/i --recode; done

Der Fehler, den ich erhalte, ist:

./chrs.sh: line 3: syntax error near unexpected token `/home/lab/Desktop/vcftools_0.1.13/bin/vcftools'
./chrs.sh: line 3: `for i in $(seq 22) do; /home/lab/Desktop/vcftools_0.1.13/bin/vcftools --vcf ./KI_subsetted.recode.vcf --chr i --out ./by_chrs_komi/i --recode; done'

Ich verwende Ubuntu 15.10

Answer 1

versuchen

for i in $(seq 22) ; do /home/aydar/Desktop/vcftools_0.1.13/bin/vcftools --vcf $VCF_FILE --chr $i --out ./by_chrs_komi/$i --recode; done

• Semikolon ( ;)vor do
• Wenn $ies sich um eine Zahl handelt, sind keine Anführungszeichen erforderlich.

oder, Programmierstil und gemäß Vorschlag

for i in {1..22}
do 
  /home/aydar/Desktop/vcftools_0.1.13/bin/vcftools \
    --vcf $VCF_FILE --chr $i --out ./by_chrs_komi/$i --recode
done