Ich möchte meine Datei nach der ersten Spalte sortieren, muss aber bei 5 Zeichen mit der Sortierung beginnen. Wie mache ich das?
Meine Datei:
"TTTTCTTACA" 1 1
"TTTTCTTACC" 1
"TTTTCTTACT" 1 1
"TTTTCTTAGC" 1
"TTTTCTTATT" 2
"TTTTCTTCAA" 1 1 1
"TTTTCTTCAG" 1 2 1
"TTTTCTTCAT" 1 2 2
"TTTTCTTCCT" 2
"TTTTCTTCGG" 2 2
"TTTTCTTCTA" 1
"TTTTCTTCTG" 1
"TTTTCTTCTT" 1 2
"TTTTCTTGAA" 1
"TTTTCTTGCT" 1 1 1
"TTTTCTTTAA" 1
"TTTTCTTTAG" 1 1
"TTTTCTTTCT" 1
"TTTTCTTTGC" 1
"TTTTCTTTGG" 1 1
"TTTTCTTTGT" 1 1 2 1
"TTTTCTTTTA" 1
Ich habe es versucht:
sort -k1,1 file | uniq -s 6 -w 5
Natürlich funktioniert es nicht. Vielleicht hat sort einige Flags, aber ich habe sie nicht gefunden. Hast du eine Idee?
Antwort1
tl;dr
sort -k1.5 file | uniq -s 6 -w 5
Erläuterung
Meine Sortierung erfolgt über GNU coreutils 8.22. Die Manpage für meine Sortierung zeigt:
KEYDEF is F[.C][OPTS][,F[.C][OPTS]] for start and stop position, where F is a field number and C
a character position in the field; both are origin 1, and the stop position defaults to the
line's end.
Mit Ihrem aktuellen Sortierbefehl wird daher sort -k1,1 filevom ersten Wort bis zum ersten Wort sortiert.
Was Sie wollen, ist (jedenfalls für den Sortierbefehl):
sort -k1.5 file | uniq -s 6 -w 5
Dadurch wird das fünfte Zeichen des ersten Wortes verwendet, was Sie wollten.
Antwort2
$sort -k2 Datei
"TTTTCTTCTA" 1
"TTTTCTTCCT" 2
"TTTTCTTACC" 1
"TTTTCTTATT" 2
"TTTTCTTCGG" 2 2
"TTTTCTTCTG" 1
"TTTTCTTGAA" 1
"TTTTCTTACA" 1 1
"TTTTCTTTAG" 1 1
"TTTTCTTTGG" 1 1
"TTTTCTTCAT" 1 2 2
"TTTTCTTAGC" 1
"TTTTCTTTAA" 1
"TTTTCTTTCT" 1
"TTTTCTTTGC" 1
"TTTTCTTTTA" 1
"TTTTCTTCTT" 1 2
"TTTTCTTCAA" 1 1 1
"TTTTCTTGCT" 1 1 1
"TTTTCTTCAG" 1 2 1
"TTTTCTTACT" 1 1
"TTTTCTTTGT" 1 1 2 1
$sort -k2 Datei | uniq -f 1
"TTTTCTTCTA" 1
"TTTTCTTCCT" 2
"TTTTCTTACC" 1
"TTTTCTTATT" 2
"TTTTCTTCGG" 2 2
"TTTTCTTCTG" 1
"TTTTCTTACA" 1 1
"TTTTCTTCAT" 1 2 2
"TTTTCTTAGC" 1
"TTTTCTTCTT" 1 2
"TTTTCTTCAA" 1 1 1
"TTTTCTTCAG" 1 2 1
"TTTTCTTACT" 1 1
"TTTTCTTTGT" 1 1 2 1