So laden Sie den EBI FastQ-Link über die Befehlszeile mit wget/curl herunter

Question

Ich muss jede Menge Daten (Fastq) aus der ENA-Datenbank herunterladen.

Example: ERS076383 ERS012262 ERS160574 ERS349280 etc

Link to download via browser: 

https://www.ebi.ac.uk/ena/data/warehouse/filereport?accession=ERS076383&result=read_run&fields=fastq_ftp&download=txt

Jetzt würde ich den Link verwenden, um „accession=“ nacheinander zu ersetzen und die entsprechende TXT herunterzuladen. Anschließend würde ich „wget“ verwenden, um alle FTP-Links herunterzuladen, die mit Fastq verknüpft sind. Aber ich kann sie nicht mit „wget“ herunterladen.

i tried: 

wget https://www.ebi.ac.uk/ena/data/warehouse/filereport?accession=ERS076383&result=read_run&fields=fastq_ftp&download=txt
[1] 61380
[2] 61381
[3] 61382

Redirecting output to 'wget-log'....

aber es funktioniert nicht.

Answer 1

Sie müssen die URL in Anführungszeichen setzen, etwa so:

wget 'https://www.ebi.ac.uk/ena/data/warehouse/filereport?accession=ERS076383&result=read_run&fields=fastq_ftp&download=txt'

oder maskieren Sie das Et-Zeichen ( \&).