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Wie kann ich ein Downgrade von Python 3 auf Python 2 durchführen?

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Wie kann ich ein Downgrade von Python 3 auf Python 2 durchführen?

Meines Wissens ist MySQL nicht mit Python 3 kompatibel. Ich habe mehrere Methoden bei Google ausprobiert, um meine Python-Version herunterzustufen, wie z. B.

conda install python=2.7.12

Aber das hat nicht funktioniert. Ich muss speziell mySQL verwenden, da ich versuche, RepeatModeler (Bioinformatik-Tool) auszuführen, um einige Genomdaten zu analysieren. Kann mir jemand dabei helfen? Ich versuche schon seit einiger Zeit, dieses Problem zu lösen. Danke!

Antwort1

Das tust du nicht.

Python 2 und 3 sind eigentlich unterschiedliche Sprachen/Laufzeiten

Wenn Sie Python aufrufen, ist es Python2, und wenn Sie Python 3 benötigen, ist es Python 3.

auf Ubuntu 18.04 zum Beispiel

Der direkte Aufruf von Python gibt Ihnen

geek@heckate_router:~$ python
Python 2.7.15+ (default, Jul  9 2019, 16:51:35)
[GCC 7.4.0] on linux2

Während python3

gibt Ihnen

geek@heckate_router:~$ python3
Python 3.6.8 (default, Aug 20 2019, 17:12:48)
[GCC 8.3.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.

Grundsätzlich können Python 2 und 3 koexistieren und tun dies auch. Es sei denn, Sie benötigen eine bestimmte Version. In diesem Fall benötigen Sie möglicherweise etwas wie virtualenv. Das Einrichten davon geht etwas über den Rahmen meiner Antwort hinaus.

Was MySQL betrifft

Bei der Installation des MySQL-Server-Metapakets werden die folgenden Pakete installiert

The following additional packages will be installed:
  libcgi-fast-perl libcgi-pm-perl libevent-core-2.1-6 libfcgi-perl
  libhtml-template-perl mysql-client-5.7 mysql-client-core-5.7
  mysql-server-5.7 mysql-server-core-5.7

Es gibt dafür überhaupt keine Python-Anforderung. Es scheint Python- und Python 3-Bibliotheken für MySQL zu geben ... aber wenn man sich das ansiehtRepeatmodelers GitHub-Seite, es scheint auf Perl zu basieren und keine Python-Voraussetzungen zu haben.

Praktisch betrachten Sie das Problem aus der falschen Perspektive.

Interessanterweise heißt es auf der GitHub-Seite

WARNUNG: Es gibt ein Bioconda- und ein Docker-Paket, die vorgeben, ein funktionsfähiges RepeatModeler-Paket zu haben. Keines von beiden funktioniert richtig. Vorerst empfehlen wir, dieses Programm wie unten beschrieben zu installieren.

Das Problem könnte also woanders liegen – möglicherweise bei dem von Ihnen verwendeten Anaconda-Repo.

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