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Überprüfen Sie, ob der Ordner Dateien mit Erweiterungen enthält, und schreiben Sie Verzeichnisse in Kategorien

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Überprüfen Sie, ob der Ordner Dateien mit Erweiterungen enthält, und schreiben Sie Verzeichnisse in Kategorien

Ich habe über 3.000 Ordner und sie können zwei Dateitypen enthalten, eine einzelne Spring-Datei und ein Paar Fastq.gz-Dateien. Ich möchte die Ordner scannen und wissen, ob beide oder eine der Dateierweiterungen im Verzeichnis vorhanden ist -

  1. Enthält ein Paar fastq.gz- und spring-Dateien
  2. Eine Fastq.gz-Datei und eine Spring-Datei
  3. Eine einzelne Federfeile
  4. Ein Paar fastq.gz-Dateien
  5. Einzelne fastq.gz-Datei

Ich habe es verwendet [ /path/to/dir/*fastq.gz ], aber ich erhalte unary operator expectedeine Fehlermeldung und die Verwendung [[ ]]scheint die Dinge nicht richtig zu testen.

Das eigentliche Skript, das ich verwendet habe, ist -

check_dir () {
in="$1"
echo "$in Checking for spring"
[ "$in"/*spring -f ] && echo "$in"
}
export -f check_dir

Ich verwende Bash, jede Hilfe mit der Logik wird geschätzt

Antwort1

unary operator expectedliegt daran, dass [Sie *(in Ihrem *fastq.gz) selbstständig arbeiten.

[ist keine Shell-Syntax. [ist ein regulärer Befehl (ein eingebauter Befehl in Bash, aber trotzdem ein Befehl) und ]ist sein letzterStreit, ein obligatorisches. Alles dazwischen ist auch ein Argument.

Die Shell erweitert sich /path/to/dir/*fastq.gzzu einem oder mehreren Wörtern, bevor sie aufruft [. [sieht diese Wörter plus die obligatorischen ]als Argumente. Abhängig von der Anzahl der Argumente und davon, um was für Argumente es sich handelt, [werden null oder mehr Argumente als Operatoren erwartet (wie -f).

Ihr [ /path/to/dir/*fastq.gz ]wird gültig sein, wenn /path/to/dir/*fastq.gzes zu einem einzelnen Argument erweitert wird (beachten Sie, dass „wird gültig sein“ nicht gleichbedeutend ist mit „wird tun, was Sie wollen“). Dies schließt Fälle ein, in denen *nichts übereinstimmt; traditionell (und standardmäßig in Bash) /path/to/dir/*fastq.gzwird es so verarbeitet, wie es ist, wenn es keine Übereinstimmung gibt. Es kann vorkommen, dass /path/to/dir/*fastq.gzes zu mehreren Wörtern erweitert wird, von denen keines so aussieht, als würde es ein Operator [verstehen. Der Fehler, den Sie erhalten haben, stammt höchstwahrscheinlich von einem Fall, in dem das Muster zu zwei Wörtern erweitert wurde.

Später haben Sie verwendet [ "$in"/*spring -f ]. Das ist noch schlimmer, weil Sie wahrscheinlich etwas wie „ [ -f some/path ]wo -fistVorder zu testende Pfad. [ -f "$in"/*spring ]Ist immer noch keine robuste Lösung, weil"$in"/*spring Im Algemeinenkann auf mehrere Argumente erweitert werden und [wird diese nicht ertragen. Sie haben geschrieben, dass es höchstens eine *springDatei pro Verzeichnis gibt, alsoin Ihrem FallCode wie dieser funktioniert vielleicht irgendwie, es ist aber trotzdem schlechter Code.

Verwenden Sie bei [keine Platzhalter, *da diese auf mehrere Wörter erweitert werden könnten. Dies schlägt sofort oder bald fehl.[[ist unter der Haube andersaber es ist auch nicht gut für Ihren Zweck.

Sie möchten wissen, mit wie vielen Dateien ein Muster wie dieses /path/to/dir/*fastq.gzübereinstimmt. Der richtige Weg, dies zu tun, besteht darin, das Ergebnis der Erweiterung einem Array zuzuweisen. Portabel gibt es nur ein Array: das Array der Argumente des Shell-Skripts (oder der Shell-Funktion); und Sie benötigen zusätzlichen Code, um einen Fall von null Übereinstimmungen zu erkennen (der immer noch ein Wort generiert: die nicht erweiterte Musterzeichenfolge). Ihre Frage ist markiert, daher werde ich ein benanntes Array und einige andere nicht portable Funktionen verwenden:

# non-portable code, works in Bash
check_dir () (
   dir="${1-.}"
   dir="${dir%/}/"
   [ -d "$dir" ] || { echo "Not a directory." >&2; return 1; }
   shopt -s nullglob
   files=( "$dir"/*fastq.gz )
   nf="${#files[@]}"
   files=( "$dir"/*spring )
   ns="${#files[@]}"
   printf '%s\t%s\t%s\n' "$nf" "$ns" "$dir"
)

Verwendung: check_dir path/to/diroder check_dir(der Standardpfad ist .). Die Funktion druckt die Anzahl der *fastq.gzDateien, eine Registerkarte, die Anzahl der *springDateien, eine Registerkarte und schließlich den untersuchten Pfad (gedruckt mit einem abschließenden /).

Jetzt können Sie einen Verzeichnisbaum analysieren (für die folgende Funktion muss die obige Funktion definiert sein):

# non-portable code, works in Bash
check_dirs () (
   dir="${1-.}"
   dir="${dir%/}/"
   [ -d "$dir" ] || { echo "Not a directory." >&2; return 1; }
   shopt -s nullglob globstar
   for d in "$dir"**/; do
      check_dir "$d"
   done
)

Verwendung: check_dirs path/to/diroder check_dirs(der Standardpfad ist .).

Anmerkungen:

  • Bei einem großen Verzeichnisbaum check_dirskann es zunächst zu einem Stocken kommen. Dies liegt daran, dass for d in "$dir"**/er vollständig erweitert werden muss, bevor check_direr überhaupt aufgerufen wird und etwas ausgibt.

  • check_dir () (Die Funktionen sind bewusst als Unter-Shells ( im Gegensatz zu ) definiert check_dir () {, daher sind Shell-Optionen ( shopt) und alle Variablen lokal.

  • Wenn Sie check_dirversteckte Dateien zählen möchten, benötigen Sie dotglobdiese Funktion (also shopt -s nullglob dotglob).

  • Wenn Sie check_dirsin versteckte Verzeichnisse absteigen möchten, benötigen Sie dotglobdiese Funktion (also shopt -s nullglob globstar dotglob).

  • Sofern die Namen Ihrer Verzeichnisse keine Zeilenumbruchzeichen enthalten, kann die Ausgabe von check_diroder check_dirsproblemlos mit Standardtools analysiert werden. Nützliche Befehle: sort -n, grep $'^2\t1\t', cut -f 3-.

    So finden Sie beispielsweise Verzeichnisse ./mit genau einer *fastq.gzDatei und genau null *springDateien:

    check_dirs | grep $'^1\t0\t' | cut -f 3-

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