Wie führe ich einen einzelnen Befehl für mehrere Dateien aus, um das Dateiformat zu konvertieren?

Question

Ich versuche, das Dateiformat von in zu konvertieren faund fqverwende seqkitdazu ein Linux-Terminal. Der Befehl ist so einfach wie unten gezeigt.

seqkit fq2fa Std_metabat2_bin.9_sub.fa -o Std_metabat2_bin.9_sub.fq -j 20 

Ich habe jedoch über 200 Dateien ( faDateien mit Metagenom-Bins) und frage mich, ob es eine bessere Möglichkeit gibt, als jeweils eine Datei zu konvertieren.

Answer 1

Eine Lösung besteht darin, eine Schleife zu verwenden for, um alle .faDateien im Verzeichnis zu konvertieren:

for file in *.fa; do seqkit fq2fa "$file" -o $(basename "$file" .fa).fq -j 20; done