Ich verwende das Texshade-Paket und bin auf ein Problem gestoßen, bei dem mir hoffentlich jemand helfen kann.
Ich verwende den Modus „Diverse Shading“, um mutierte Antikörpersequenzen mit ihren nicht mutierten Keimbahnvorläufern zu vergleichen. In den Antikörpersequenzen relativ zur Keimbahn gibt es eine Einfügung. Wenn ich die Einfügung als „-“ darstelle, führt dies dazu, dass dem Lineal an dieser Stelle eine Nummerierungsposition fehlt. Kennt jemand eine Möglichkeit, dies zu korrigieren?
Vielen Dank im Voraus für Ihre Hilfe.
Tex-Code:
\documentclass[10pt]{article}
\usepackage{texshade}
\headheight=0pt
\headsep=0pt
\hoffset=0pt
\voffset=0pt
\paperwidth=8.27in
\paperheight=11.69in
\ifx\pdfoutput\undefined
\relax
\else
\pdfpagewidth=\paperwidth
\pdfpageheight=\paperheight
\fi
\oddsidemargin=-0.25in
\topmargin=0.3in
\textwidth=7in
\textheight=11.62in
\pagestyle{empty}
\begin{document}
\newline
\begin{texshade}{aligned.heavy.fasta}
\setsize{features}{footnotesize}
\shadingmode{diverse}
\hidenumbering
\showruler{1}{top}
\setsize{ruler}{scriptsize}
\rulersteps{1}
\shownames{left}
\end{texshade}
\end{document}
Und die Datei aligniert.heavy.fasta:
>germline_comparator
EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEE-EEEEEEEEEEEEEEE
>seq1
EEEEQEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEETEEEEEEEEEEEEEEE
>seq2
EEEEQEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEAEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEETEEEEEEEEEEEEEEE
>seq3
EEEEQEEEEEEEEEEEEFEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEETEEEEEEEEEEEEEEE
Antwort1
Sie können in der zweiten Zeile eine Dummy-Sequenz ohne Lücken einfügen:
>Dummy
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
Und dann verwenden Sie die Befehle:
\showruler{2}{top}
\hideseq{2}
um es für die Nummerierung zu verwenden und seine Anzeige zu verhindern. Dadurch wird die Nummerierung korrigiert.