Ich habe eine Datei wie diese. Sie heißt Sam-Datei
@HD VN:1.0 SO:unsorted
@SQ SN:RNU2-1 LN:388
@SQ SN:RNU6-1100P LN:304
SRR959756.23 0 RNU2-1 56 0 6S32M12S * 0 0 CACAGCAATATCTGATACGTCCTCTATCCGAGGACAATTGGAATTCTCGG hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhghhghhhhhhhhhhhhhhfhhhhhhghf AS:i:64 XS:i:64 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:32 YT:Z:UU
SRR959756.23 256 RNU2-2P 56 0 6S32M12S * 0 0 CACAGCAATATCTGATACGTCCTCTATCCGAGGACAATTGGAATTCTCGG * AS:i:64 XS:i:64 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:32 YT:Z:UU
SRR959756.23 256 RNU2-6P 55 0 6S32M12S * 0 0 CACAGCAATATCTGATACGTCCTCTATCCGAGGACAATTGGAATTCTCGG * AS:i:56 XS:i:64 XN:i:0 XM:i:4 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:1 MD:Z:11T20 YT:Z:UU
Ich möchte die Datei nach der 15. Spalte filtern, die XM ist, also habe ich dies geschrieben
awk '$15 ~ /^XM:i:0/ || $15 ~ /^XM:i:1/ || $15 ~ /^XM:i:2/ || $15 ~ /^XM:i:3/ {print $0}' file.txt
Dabei habe ich die Überschrift verloren, die beginnt mit@(die ersten drei Zeilen). Wie kann ich sie so in der Ausgabe belassen, wie sie sind?
Die Ausgabe sollte wie folgt aussehen
@HD VN:1.0 SO:unsorted
@SQ SN:RNU2-1 LN:388
@SQ SN:RNU6-1100P LN:304
SRR959756.23 0 RNU2-1 56 0 6S32M12S * 0 0 CACAGCAATATCTGATACGTCCTCTATCCGAGGACAATTGGAATTCTCGG hhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhhghhghhhhhhhhhhhhhhfhhhhhhghf AS:i:64 XS:i:64 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:32 YT:Z:UU
SRR959756.23 256 RNU2-2P 56 0 6S32M12S * 0 0 CACAGCAATATCTGATACGTCCTCTATCCGAGGACAATTGGAATTCTCGG * AS:i:64 XS:i:64 XN:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:0 MD:Z:32 YT:Z:UU
Auch Kopfzeilen (die mit @ beginnen) können viel länger sein, etwa Hunderte. Ich habe nur die ersten drei Zeilen verwendet.
Antwort1
Ich habe es versucht und es hat funktioniert
awk '$0 ~ /^@/ || $15 ~ /^XM:i:0/ || $15 ~ /^XM:i:1/ || $15 ~ /^XM:i:2/ || $15 ~ /^XM:i:3/ {print $0}' file.txt