☰

Problem mit grep auf mehreren Dateien und nicht die gewünschte Ausgabe erhalten

tag-icon • tag-icon linux grep head header-file more
Problem mit grep auf mehreren Dateien und nicht die gewünschte Ausgabe erhalten

Ich verwende den folgenden Befehl für eine Datei, um einige Zeilen basierend auf chr# (unterschiedliche Chromosomennummern) zu extrahieren. Dies ist nur eine einzelne Datei, an der ich arbeite. Ich habe 8 solcher Dateien und für jede Datei muss ich dies für chr (1 bis 22 und dann chrX und chrY) tun. Ich verwende keine Schleife, ich habe es einzeln gemacht, aber wie Sie sehen, möchte ich, dass der Header für jede meiner Ausgaben intakt bleibt. Wenn ich es einzeln ausführe, erhalte ich den Header in der Ausgabe, aber wenn ich das Skript für alle 8 Dateien zusammen ausführe, was etwa 8*24 Befehlen in einem Skript nacheinander entspricht, hat die Ausgabe keinen Header. Können Sie mir sagen, warum das passiert?

#!/bin/sh
#
#$ -N DOC_gatk_chr
#$ -cwd
#$ -e err_DOC_gatk_chr.txt
#$ -o out_DOC_gatk_chr.txt
#$ -S /bin/sh
#$ -M [email protected]
#$ -m bea
#$ -l h_vmem=25G

more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr1" > S_313_IPS_S7995.chr1.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr2" > S_313_IPS_S7995.chr2.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr3" > S_313_IPS_S7995.chr3.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr4" > S_313_IPS_S7995.chr4.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr5" > S_313_IPS_S7995.chr5.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr6" > S_313_IPS_S7995.chr6.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr7" > S_313_IPS_S7995.chr7.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr8" > S_313_IPS_S7995.chr8.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr9" > S_313_IPS_S7995.chr9.coverage

Ich führe es als Job mit qsub aus, daher sieht die Struktur des Skripts wie oben aus. Es funktioniert, wenn ich die Befehle einzeln ausführe, aber wenn ich sie so ausführe, wird der Header nicht in die Ausgabedatei gedruckt, das ';' wird anscheinend nicht erkannt. Ich habe versucht, es sowohl mit qsub filename.sh als auch mit sh filename.sh auszuführen. Ich habe festgestellt, dass mit sh filename.sh der Header in der Konsole gedruckt wird. Der Befehl vor dem Semikolon ';' wird also definitiv nicht in die Datei geschrieben. Wie kann ich dieses Problem beheben?

Gewünschte Ausgabe:

Target  total_coverage  average_coverage    IPS_S7995_total_cvg IPS_S7995_mean_cvg  IPS_S7995_granular_Q1   IPS_S7995_granular_median   IPS_S7995_granular_Q3   IPS_S7995_%_above_15
chr2:41460-41683    14271   63.71   14271   63.71   56  67  79  100.0
chr2:45338-46352    123888  122.06  123888  122.06  79  123 147 94.6
chr2:218731-218983  11653   46.06   11653   46.06   36  50  55  100.0
chr2:224825-225012  12319   65.53   12319   65.53   57  68  76  100.0
chr2:229912-230090  20983   117.22  20983   117.22  93  120 147 100.0
chr2:230947-231137  22386   117.20  22386   117.20  100 120 139 100.0
chr2:233074-233258  11710   63.30   11710   63.30   54  66  73  100.0
chr2:234086-234300  22952   106.75  22952   106.75  91  113 126 100.0
chr2:242747-242922  20496   116.45  20496   116.45  93  124 142 100.0
chr2:243469-243671  27074   133.37  27074   133.37  126 138 148 100.0

Die Ausgabe, die ich erhalte, ist die folgende ohne die Kopfzeile.

chr2:41460-41683    14271   63.71   14271   63.71   56  67  79  100.0
chr2:45338-46352    123888  122.06  123888  122.06  79  123 147 94.6
chr2:218731-218983  11653   46.06   11653   46.06   36  50  55  100.0
chr2:224825-225012  12319   65.53   12319   65.53   57  68  76  100.0
chr2:229912-230090  20983   117.22  20983   117.22  93  120 147 100.0
chr2:230947-231137  22386   117.20  22386   117.20  100 120 139 100.0
chr2:233074-233258  11710   63.30   11710   63.30   54  66  73  100.0
chr2:234086-234300  22952   106.75  22952   106.75  91  113 126 100.0
chr2:242747-242922  20496   116.45  20496   116.45  93  124 142 100.0
chr2:243469-243671  27074   133.37  27074   133.37  126 138 148 100.0

Antwort1

Sie benötigen so etwas:

{ head -n1 S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary; 
  grep "chr1" S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary; } >S_313_IPS_S7995.chr1.coverage

oder

awk 'NR==1 || /chr1/' S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary >S_313_IPS_S7995.chr1.coverage

Das Problem ist, dass die Umleitung nur einen Befehl betrifft. Um die Ausgabe von headund grepin der Umleitung zu erhalten, müssen sie gruppiert werden. awkIst hier aber wahrscheinlich die bessere Wahl.

verwandte Informationen