Mehrfachkonvertierung von BAM nach BED mit Bedtools

Question

Ich habe zehn .bam-Dateien (bioinformatisches Format) und möchte diese in 10 .bed-Dateien konvertieren, aber für diese Konvertierung muss ich einen speziellen Befehl verwenden

bedtools bamTobed -i (input file) > output file.bed

Answer 1

Ihre Frage ist nicht ganz klar, aber vielleicht hilft dieser Shell-Befehl.

for x in *.bam; do
    bedtools bamTobed -i "$x" >"${x%.bam}.bed"
done

Answer 2

Sie können beispielsweise Folgendes tun:

parallel --jobs <int> "bamToBed -i {} > {.}.bed" ::: *.bam