MySQL stürzt ab, wenn ich den Wert max_heap_table_size erhöhe

MySQL stürzt ab, wenn ich den Wert max_heap_table_size erhöhe

Ich habe eine MySQL-Instanz auf einem Ubuntu 12.04-Server, ausgestattet mit 120 GB RAM. Darauf laufen mehrere PHP-Skripte, die manchmal neue MySQL-Parameter setzen. Eines dieser Skripte verwendet große MEMORY-Tabellen, um Daten zu konsolidieren, bevor sie in MySISAM-Tabellen eingefügt werden.

Kürzlich habe ich max_heap_table_size und tmp_table_size von 16 GB auf 20 GB aktualisiert, um „Tabelle ist voll“-Fehler zu vermeiden. Dies führte dazu, dass MySQL beim nächsten Ausführen des Skripts abstürzte.

Tatsächlich wurde zuerst eine Strack-Spur erzeugt:

14:30:19 UTC - mysqld got signal 11 ;
This could be because you hit a bug. It is also possible that this binary
or one of the libraries it was linked against is corrupt, improperly built,
or misconfigured. This error can also be caused by malfunctioning hardware.
We will try our best to scrape up some info that will hopefully help
diagnose the problem, but since we have already crashed,
something is definitely wrong and this may fail.

key_buffer_size=536870912
read_buffer_size=131072
max_used_connections=85
max_threads=700
thread_count=82
connection_count=81
It is possible that mysqld could use up to
key_buffer_size + (read_buffer_size + sort_buffer_size)*max_threads = 2055554 K  bytes of memory
Hope that's ok; if not, decrease some variables in the equation.

Thread pointer: 0x7ff66dbb4f30
Attempting backtrace. You can use the following information to find out
where mysqld died. If you see no messages after this, something went
terribly wrong...
stack_bottom = 7ff632b80e60 thread_stack 0x28000
/usr/sbin/mysqld(my_print_stacktrace+0x29)[0x7ff66b087589]
/usr/sbin/mysqld(handle_fatal_signal+0x483)[0x7ff66af4c9d3]
/lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0xfcb0)[0x7ff669c96cb0]
/usr/sbin/mysqld(_Z10field_convP5FieldS0_+0x37)[0x7ff66af49077]
/usr/sbin/mysqld(_ZN10Item_field13save_in_fieldEP5Fieldb+0x46)[0x7ff66af599b6]
/usr/sbin/mysqld(_Z11fill_recordP3THDPP5FieldR4ListI4ItemEb+0x4e)[0x7ff66adf3afe]
/usr/sbin/mysqld(_ZN12select_union9send_dataER4ListI4ItemE+0x6f)[0x7ff66aea705f]
/usr/sbin/mysqld(+0x32c554)[0x7ff66ae5a554]
/usr/sbin/mysqld(+0x3225cf)[0x7ff66ae505cf]
/usr/sbin/mysqld(_Z10sub_selectP4JOINP13st_join_tableb+0x7e)[0x7ff66ae5255e]
/usr/sbin/mysqld(+0x335274)[0x7ff66ae63274]
/usr/sbin/mysqld(_ZN4JOIN4execEv+0xc03)[0x7ff66ae72ec3]
/usr/sbin/mysqld(_Z12mysql_selectP3THDPPP4ItemP10TABLE_LISTjR4ListIS1_ES2_jP8st_orderSB_S2_SB_yP13select_resultP18st_select_lex_unitP13st_select_lex+0x130)[0x7ff66ae6e610]
/usr/sbin/mysqld(_Z21mysql_derived_fillingP3THDP3LEXP10TABLE_LIST+0x121)[0x7ff66ae13671]
/usr/sbin/mysqld(_Z20mysql_handle_derivedP3LEXPFbP3THDS0_P10TABLE_LISTE+0x68)[0x7ff66ae130f8]
/usr/sbin/mysqld(_Z20open_and_lock_tablesP3THDP10TABLE_LISTbjP19Prelocking_strategy+0x11a)[0x7ff66adf7c9a]
/usr/sbin/mysqld(+0x2fac95)[0x7ff66ae28c95]
/usr/sbin/mysqld(_Z21mysql_execute_commandP3THD+0x16a6)[0x7ff66ae307f6]
/usr/sbin/mysqld(_Z11mysql_parseP3THDPcjP12Parser_state+0x10f)[0x7ff66ae35a0f]
/usr/sbin/mysqld(_Z16dispatch_command19enum_server_commandP3THDPcj+0x1e71)[0x7ff66ae37951]
/usr/sbin/mysqld(_Z24do_handle_one_connectionP3THD+0x1bd)[0x7ff66aeddd9d]
/usr/sbin/mysqld(handle_one_connection+0x50)[0x7ff66aedde00]
/lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0x7e9a)[0x7ff669c8ee9a]
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(clone+0x6d)[0x7ff6693bf3fd]

Trying to get some variables.
Some pointers may be invalid and cause the dump to abort.
Query (7fea98004a80): is an invalid pointer
Connection ID (thread ID): 15144
Status: NOT_KILLED

The manual page at http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/crashing.html contains
information that should help you find out what is causing the crash.

Der Absturz/Neustart erfolgte eine Stunde später:

131122 15:30:24 [Warning] Using unique option prefix myisam-recover instead of myisam-recover-options is deprecated and will be removed in a future release. Please use the full name instead.
131122 15:30:24 [Warning] Using unique option prefix myisam-recover instead of myisam-recover-options is deprecated and will be removed in a future release. Please use the full name instead.
131122 15:30:24 [Note] Plugin 'FEDERATED' is disabled.
131122 15:30:24 InnoDB: The InnoDB memory heap is disabled
131122 15:30:24 InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
131122 15:30:24 InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.3.4
131122 15:30:24 InnoDB: Initializing buffer pool, size = 128.0M
131122 15:30:24 InnoDB: Completed initialization of buffer pool
131122 15:30:24 InnoDB: highest supported file format is Barracuda.
InnoDB: Log scan progressed past the checkpoint lsn 1319218667
131122 15:30:24  InnoDB: Database was not shut down normally!
InnoDB: Starting crash recovery.

Leider habe ich keine Binlog- oder Slow-Query-Log-Ausgaben, die ich hier posten könnte, aber ich kann sagen, dass das PHP-Skript weiterlief, nachdem der Stacktrace erstellt worden war. Es wurde während des MySQL-Neustarts gestoppt.

Ein Hardwarefehler sollte nicht in Betracht gezogen werden, da dieser Fehler bereits auf zwei verschiedenen Servern aufgetreten ist.

Was könnte die Ursache für den Absturz sein? Wie kann ich die maximale max_heap_table_size und tmp_table_size herausfinden, die ich verwenden kann, ohne dass MySQL abstürzt?

ulimit -a
core file size          (blocks, -c) 0
data seg size           (kbytes, -d) unlimited
scheduling priority             (-e) 0
file size               (blocks, -f) unlimited
pending signals                 (-i) 1031141
max locked memory       (kbytes, -l) 64
max memory size         (kbytes, -m) unlimited
open files                      (-n) 1024
pipe size            (512 bytes, -p) 8
POSIX message queues     (bytes, -q) 819200
real-time priority              (-r) 0
stack size              (kbytes, -s) 8192
cpu time               (seconds, -t) unlimited
max user processes              (-u) 1031141
virtual memory          (kbytes, -v) unlimited
file locks                      (-x) unlimited

Die MySQL-Version ist 5.5.34 für Ubuntu 12.04,1

Antwort1

Bei 120 GB Arbeitsspeicher scheint es möglich, dass Ihr Computer auch über mehrere physische CPUs und eine NUMA-Architektur (Non-Uniform Memory Access) verfügt. Wenn dies der Fall ist, verfügen Sie möglicherweise über reichlich verfügbaren Arbeitsspeicher, aber dennoch, entgegen Ihrer Intuition, nicht über genügend verfügbaren Arbeitsspeicher.

Wenn ich bis hierhin richtig liege, könnte dieses Problem auftreten, wenn MySQL versucht, den der MEMORYTabelle zugewiesenen Speicher zu vergrößern, und dabei auf einen Fehler stößt, der mit der Art und Weise zusammenhängt, wie Linux bei dieser Architektur mit Speicherzuweisungen umgeht. Dabei wird nur der verfügbare Speicher auf den Speichersticks berücksichtigt, die direkt mit einer bestimmten CPU verbunden sind, die etwas willkürlich als „diejenige“ ausgewählt wurde, von der Speicheranforderungen bedient werden – obwohl anderer physischer Speicher anderswo auf der Hauptplatine frei ist.

NUMA ist in der Theorie gut, aber möglicherweise nicht ideal für einzelne Prozesse geeignet, die große Mengen an Speicher benötigen, wie es bei MySQL der Fall ist … aber es gibt einen Workaround.

Die Lösung besteht darin, das mysqld_safeSkript durch Hinzufügen dieser Zeile zu ändern:

cmd="/usr/bin/numactl --interleave all $cmd"

...sofortnachdiese Linie...

cmd="$NOHUP_NICENESS"

Die Gründe dafür werden hier in einem ausgezeichneten Artikel erläutert, der ursprünglich geschrieben wurde, um zu erklären, warum MySQL-Server mit dieser Architektur trotz freiem Speicher stark swappten; das war jedoch ein Symptom eines größeren Problems, das der Autoranschließendwies darauf hin, dass es sich „nicht ausschließlich um ein Swapping-Problem“ handele, das, selbst bei deaktiviertem Swap, auch „fehlgeschlagene Speicherzuweisungen“ umfassen könne.

http://blog.jcole.us/2010/09/28/mysql-swap-insanity-and-the-numa-architecture/

Ich spekuliere natürlich, ob dies auf Ihr System zutrifft, aber es scheint eine lohnende Möglichkeit zu sein. Ich habe genau diesen Fix verwendet, als ich auf einem neuen 128-GB-Rechner auf ein Problem stieß, als ich versuchte, einen 64-GB-InnoDB-Pufferpool bereitzustellen, und MySQL keine 64 GB frei auf einem Rechner mitNichtssonst läuft. Als ich erkannte, dass der höchste Wert, den ich erfolgreich verwenden konnte, etwas weniger als 1/4 des gesamten Speichers in einer 16-Kern-Maschine mit 4 warphysischProzessoren … ungefähr so, wie Sie es anscheinend tun … das war, als ich die Puzzleteile zusammenfügte und die Natur des Problems herausfand.

Antwort2

Die Dokumentation fürtemporäre_Tabellengrößebesagt, dass diese Einstellung die maximale Größe einer temporären Tabelle istin Erinnerung. Das Überschreiten dieser Größe löst keine „Tabelle ist voll“-Fehler aus, sondern führt zu einem Wechsel von der Verwendung der Tabelle im Speicher zur Verwendung einer MyISAM-Tabelle auf der Festplatte.

Das System stürzt ab, weil Sie zulassen, dass temporäre Tabellen viel mehr Speicher verbrauchen als nötig. Dasselbe gilt für die Speichertabellen.

Sie sollten die tmp_table_size löschenWegdown. Denken Sie daran, dass diese Einstellung kein Gesamtmaximum ist. Es ist ein Maximum pro temporärer Tabelle. Wenn Sie 5 Abfragen haben, die eine enorm große temporäre Tabelle erstellen (sagen wir, jede davon knapp 20 GB), haben Sie jetzt temporäre Tabellen, die 100 GB Ihres RAM verbrauchen. Fügen Sie eine 6. hinzu, und Sie haben mehr RAM verbraucht, als der Server insgesamt hat.

Wenn Ihre Skripte tatsächlich die Speicher-Engine MEMORY verwenden, sollten Sie das ändern, nachdem Sie die Daten in eine MyISAM-Datei geschrieben haben. Wenn diese schnelle Leistung für eine so große temporäre Tabelle wirklich erforderlich ist, sollten Sie sich einen schnelleren Speicher zulegen (z. B.Fusion-io,Viridentet al.). Wenn diese übertrieben oder zu teuer sind, würde ich zumindest SSDs für den Verbraucherbereich in Betracht ziehen.

MyISAM funktioniert am besten, wenn seine Daten im Systemspeicher (ungenutzter RAM) zwischengespeichert werden. Wenn Ihre Skripte den Cache jedes Mal leeren, wenn sie eine große Abfrage durchführen (mit der MEMORY-Engine), wird die Leistung von MyISAM darunter leiden.

Ich vermute, dass das Skript die MEMORY-Speicher-Engine verwendet, um die Leistung zu „verbessern“, während es sie tatsächlich beendet. Wenn es sich um eine temporäre Tabelle handelt, sollte es temporäre Tabellen verwenden und Ihre tmp_table_size sollte etwas viel kleiner sein, sodass es auf die Festplatte gezwungen wird, nachdem es tmp_table_size überschreitet.

Die Standardwerte für max_heap_table_size und tmp_table_size betragen 16 MB. Wenn möglich, würde ich vorschlagen, die Einstellungen wieder auf die Standardwerte zurückzusetzen. Passen Sie die Werte in kleinen Schritten nach oben an, während Sie die Ressourcennutzung (Festplatten-E/A, Gesamtspeichernutzung, CPU-Auslastung usw.) überwachen, bis Sie Einstellungen finden, die für Ihren Datensatz geeignet sind.

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