☰

Geojson-Paket für R kann nicht installiert werden

tag-icon • tag-icon 16.04 package-management paths r pkg-config
Geojson-Paket für R kann nicht installiert werden

Ich habe Ubuntu 16.04 und R 3.4.3. Wenn ich

install.packages("geojson", dep=TRUE)

in R erhalte ich die folgende Fehlermeldung:

Abhängigkeit ‚Protolite‘ ist für Paket ‚Geojson‘ nicht verfügbar

Deshalb laufe ich

install.packages("protolite", dep=TRUE)

worauf ich komme:

Configuration failed because protobuf was not found. Try installing:
 * deb: libprotobuf-dev (Debian, Ubuntu, etc)
 * rpm: protobuf-devel (Fedora, EPEL)
 * csw: protobuf_dev (Solaris)
 * brew: protobuf (OSX)
If protobuf is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a protobuf.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'

Allerdings protoc --versionbekomme ich beim Ausführen im Terminal

libprotoc 2.6.1

Es scheint also, dass ich die neueste Version installiert habe. Ich habe auch versucht, sie protobuf.pceinzukopieren /usr/lib/pkconfig/und PKG_CONFIG_PATHmit

export PKG_CONFIG_PATH=/usr/lib/pkgconfig

ohne Erfolg. Ich weiß nicht, wie ich überprüfen kann, ob pkg-configin meinem ist PATH, noch wie ich die späteren manuellen Anweisungen befolgen soll. Insbesondere weiß ich nicht, für welche Verzeichnisse ich schreiben soll INCLUDE_DIR=...und LIB_DIR=....

Wie soll ich vorgehen?

Antwort1

Sie können Ihre R-Pakete mit den folgenden Aktionen installieren

#1. add R 3.4.3 repository if not added before
cat <<EOF | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/r-cran.list
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/
EOF

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9

#2. add repository for libjq-dev
sudo add-apt-repository -y ppa:opencpu/jq

#3. update package lists
sudo apt-get update

#4. install R and dependencies
sudo apt-get install r-base-dev r-base-core libjq-dev libcurl4-openssl-dev \
libssl-dev libprotobuf-dev libjq-dev libv8-3.14-dev protobuf-compiler

#5. launch R and install geojson package:
R
> install.packages("geojson", dep=TRUE)

Antwort2

Ich habe gerade festgestellt, dass meine /usr/bin/pkg-config(mit Ubuntu 18.04 gebündelte Version 0.29.1) extrem fehlerhaft ist. Sie sucht nicht in den in PKG_CONFIG_PATH genannten Verzeichnissen (benutzerdefinierte Verzeichnisse wurden im Debug-Spew nicht angezeigt). Ich musste eine neuere Version (0.29.2) aus dem Quellcode erstellen. Dies löste mein Problem.

Hoffe, es hilft jemandem

verwandte Informationen