He tenido este problema desde hace muchos meses. El tamaño de fuente del menú VLC aumenta varias veces cuando muevo la ventana VLC de mi pantalla principal a la pantalla secundaria.Aquí está mi grabación de pantalla para mostrar lo que está sucediendo. Este problema sólo ocurre con VLC, ninguna otra aplicación muestra este comportamiento. Desinstalé VLC, eliminé todos los archivos de configuración y caché de vlc de mis directorios .config, .local y .cache y luego lo reinstalé y el problema persiste. Recuerdo vagamente que el problema comenzó a ocurrir después de que presioné accidentalmente alguna combinación de teclas mientras operaba VLC.
Más detalles: La distribución es Ubuntu 18.04.3 LTS. La resolución para ambos monitores es la misma (1920x1080). Probé con otra aplicación QT (Audacious) y no muestra el problema descrito para vlc.