Estoy intentando instalar mdanalysis para un proyecto universitario usando el comando:
pip3 install --user numpy mdanalysis
Numpy ya está instalado, por lo que funciona bien, pero para mdanalysis obtengo:
x86_64-linux-gnu-gcc -pthread -Wno-unused-result -Wsign-compare -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -g -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -g -fwrapv - O2 -g -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fPIC -I/tmp/pip-install-kpddjyii/mdanalysis_304f5152ac494a7e86bfe16e8b723b16/MDAnalysis/lib/formats -I/home/ domenico/.local/lib/python3.8/site-packages/numpy/core/include -I/tmp/pip-install-kpddjyii/mdanalysis_304f5152ac494a7e86bfe16e8b723b16/MDAnalysis/lib/formats/include -I/usr/include/python3.8 -c MDAnalysis/lib/formats/libdcd.c -o build/temp.linux-x86_64-3.8/MDAnalysis/lib/formats/libdcd.o -std=c99 -ffast-math -O3 -funroll-loops -fsigned-zeros cc1: advertencia: -fassociative-math deshabilitado; otras opciones tienen prioridad MDAnalysis/lib/formats/libdcd.c:36:10: error fatal: Python.h: No existe tal archivo o directorio #include "Python.h" ^~~~~~~~~~ compilación terminada. error: el comando 'x86_64-linux-gnu-gcc' falló con el estado de salida 1
ERROR: Error al compilar la rueda para mdanalysis Al ejecutar setup.py clean para mdanalysis No se pudo compilar mdanalysis Instalando los paquetes recopilados: mdanalysis Al ejecutar setup.py install para mdanalysis ... error ERROR: Error en el comando con el estado de salida 1: comando: /usr/bin /python3 -u -c 'importar io, os, sys, setuptools, tokenize; sys.argv[0] = '"'"'/tmp/pip-install-kpddjyii/mdanalysis_304f5152ac494a7e86bfe16e8b723b16/setup.py'"'"';archivo='"'"'/tmp/pip-install-kpddjyii/mdanalysis_304f5152ac494a7e86bfe16e8b723b16/setup.py'"'"';f = getattr(tokenize, '"'"'open'"'"', open)(archivo) si os.path.existe (archivo) else io.StringIO('"'"'from setuptools import setup; setup()'"'"');code = f.read().replace('"'"'\r\n'"'"' , '"'"'\n'"'"');f.close();exec(compilar(código,archivo, '"'"'exec'"'"'))' instalar --record /tmp/pip-record-5vlwouu4/install-record.txt --single-version-externally-managed --user --prefix= - -compile --install-headers /home/domenico/.local/include/python3.8/mdanalysis
Vi en línea que debería instalar python-dev y lo hice:
sudo apt-get install python3-dev
pero ese paquete ya estaba instalado, así que intenté desinstalarlo e instalarlo nuevamente con:
sudo apt autoremove python3-dev
sudo apt-get install python3-dev
Pero el problema siguió siendo el mismo. ¿Alguien podría ayudar? (Soy un completo novato, así que explícamelo como si fuera un abuelo confundido.)
gracias de antemano
Respuesta1
Después de publicar esto, encontré la respuesta, así que la publicaré con la esperanza de ayudar a otros abuelos confundidos. Como puedes ver aquí:
"'"'\n'"'"');f.close();exec(compilar(código, archivo, '"'"'exec'"'"'))' instalar --record /tmp/pip- record-5vlwouu4/install-record.txt --single-version-externally-managed --user --prefix= --compile --install-headers /home/domenico/.local/include/python3.8/mdanalysis
Estaba intentando utilizar el paquete python3.8-dev, así que cuando lo haces:
sudo apt-get install python3-dev
asegúrese de instalar el paquete python-dev que le pide el mensaje de error, en este caso:
sudo apt-get install python3.8-dev