quiero instalarANARCIen RHEL 6. Tengo Python 2.7.7 instalado. Como puede leer en su página de inicio, ANARCI requiere Python 2.6+ y HMMER3. Descargué anarci tar.gz y luego lo desempaqué. Lo instalé con
python setup.py install --prefix=/tmp/anarci
Pero cuando ejecuto /tmp/anarci/bin/ANARCI -h, no muestra ningún módulo llamado ANARCI.
¿Cómo especifico la dependencia de HMMER en este caso? ¿Cómo puedo instalar ANARCI?
Respuesta1
Gracias por la respuesta. Sus sugerencias funcionaron para mí, lo único que cambié fue que después de Python, tengo que agregar paquetes de sitio a PYTHONPATH.
Entonces export PYTHONPATH=/tmp/anarci/lib/python/site-packages/:$PYTHONPATH hizo el trabajo.
El lunes 29 de mayo de 2017 a las 6:53 p. m., Dunbar, James escribió: Hola Prashant:
Disculpas por la lenta respuesta.
El módulo anarci python debe estar en su variable de entorno PYTHONPATH y el binario hmmscan (de hmmer3) en su RUTA.
por ejemplo, con un shell bash, ejecute por primera vez:
exportar PYTHONPATH=/tmp/anarci/lib/python/:$PYTHONPATH exportar PATH=/tmp/HMMER-3.1/binaries/:$PATH
entonces: /tmp/anarci/bin/ANARCI
Espero que ayude. Déjame saber si tienes más preguntas.
Mejor, James
El 29 de mayo de 2017 a las 15:13, James Dunbar escribió:
---------- Mensaje reenviado ---------- De: Prashant Shete <[correo electrónico protegido]> Fecha: 22 de mayo de 2017 a las 20:18 Asunto: Numeración de anticuerpos - ANARCI Instalar en:[correo electrónico protegido]
Hola James,
Intenté instalar ANARCI desdehttp://opig.stats.ox.ac.uk/webapps/sabdab-sabpred/ANARCI.php
Como dice, requiere Python 2.6+ y HMMER3. Descargué anarci tar.gz, lo desempaqueté y ejecuté python setup.py install --prefix=/tmp/anarci en la máquina RHEL 6.
También descargué HMMER-3.1, realicé la instalación y realicé la instalación con el prefijo /tmp/HMMER-3.1.
Pero cuando ejecuto /tmp/anarci/bin/ANARCI no muestra ningún módulo llamado anarci. ¿Es porque no he especificado la dependencia de HMMER? De ser así, ¿cómo puedo hacerlo?