¿Por qué este proceso paralelo no escribe la salida en archivos sino que la imprime en la consola?

Question

Descargo de responsabilidad: Esta es una pregunta más general de la quePregunté en biostars.orgsobre paralelo y escritura en archivo.

Cuando ejecuto un programa (obisplitdel obitoolspaquete) secuencialmente, lee un archivo y crea varios archivos según algún criterio (no importante aquí) en el archivo original:

input_file.fastq
     |____ output_01.fastq
     |____ output_02.fastq
     |____ output_03.fastq

Sin embargo, cuando divido el archivo de entrada y los ejecuto en paralelo (versión del repositorio de ubuntu: 20141022),

find . * | grep -P "^input_file" | parallel -j+3 obisplit -p output_{/.}_ -t variable_to_split_on {/}

Esperaría recibir archivos

input_file_a.fastq
     |____ output_input_file_a_01.fastq
     |____ output_input_file_a_02.fastq
     |____ output_input_file_a_03.fastq
input_file_b.fastq
     |____ output_input_file_b_01.fastq
     |____ output_input_file_b_02.fastq
     |____ output_input_file_b_03.fastq
input_file_c.fastq
     |____ output_input_file_c_01.fastq
     |____ output_input_file_c_02.fastq
     |____ output_input_file_c_03.fastq

pero la salida solo se imprime en la consola.

¿Hay algo inherente parallelque hace que esta impresión sea consoladora o podría ser esta la forma en obisplitque se comporta por cualquier motivo? ¿Hay alguna manera de convencer a cada núcleo comandado por parallelpara que imprima en un archivo específico en lugar de en la consola?

Answer 1

Parece como si obisplitse comportara de manera diferente si se redirige la salida.

Puede pedirle a GNU Parallel que genere archivos:

seq 10 | parallel --results output_{} echo this is input {} >/dev/null

(o si tu versión es anterior:

seq 10 | parallel echo this is input {} '>' output_{}

)

Creará output_#, output_#.err, output_#.seq.