yo sueloClustalXPara alinear algunas secuencias inusualmente grandes en el escritorio de mi casa, esto lleva más de una semana en completarse y funciona muy por debajo de la capacidad máxima de la máquina.
El top | grep clustalxda el siguiente resultado
5985 @nombre de usuario 0 -20 1971048 105428 9012 R 99,9 2,7 5829:27 clustalx
Muestra que el uso de la CPU es ~100 y el uso de la memoria ~3% de RAM. Pero el monitor del sistema dice lo contrario.
Hay 2 núcleos de CPU funcionando al máximo en la imagen, eso se debe a que estoy usando Firefox y el monitor del sistema; de lo contrario, es solo uno. También establecí la prioridad de clustalx Very highy, sin embargo, no pude ver ninguna mejora considerable.
¿Qué más debo hacer para que utilice más CPU y RAM? Cualquier sugerencia sería útil.
Carga promedio ~2.7 (cuando también uso otros programas)
He visto la siguiente publicación relacionada con esto, pero no responden a mi pregunta:
Cómo aumentar el uso de la CPU [cerrado]
Especificaciones del Sistema:
Ubuntu de 64 bits 14.04 LTS en partición HDD de 154 GB, 4 GB de RAM, CPU Intel Core i3-4130 a 3,40 GHz × 4 procesadores y 10 GB de intercambio.
Especificación del programa: ClustalX para Linux: utilizado en la alineación de secuencias biológicas.
Para determinar si mi programa es de 32/64 bits, utilicé
find /usr/bin/clustalx
/usr/bin/clustalx: ejecutable ELF LSB de 64 bits, x86-64, versión 1 (SYSV),...
Respuesta1
Fácil: ejecuta tu programa tantas veces como núcleos tengas...
Hago lo mismo para transcodificar vídeo en múltiples formatos: no todos los codificadores de vídeo son multinúcleo/multi-CPU, así que ejecuto un vídeo encore para una resolución en un núcleo y el otro (con diferentes líneas de comando). parámetros) en otro núcleo.
Revisores de baja calidad:Algunos problemas complejos tienen soluciones sumamente simples.
Respuesta2
De acuerdo a esto:
https://www.biostars.org/p/44231/
Parece que clustalx solo tendrá un núcleo y es necesario usar clustal omega o mafft.