Eliminar el patrón de espacios de los archivos

Question

Quiero eliminar espacios (-). si se encuentra un espacio continuo >10 en todos >Tem en la misma posición, elimine todos los espacios y también elimine las secuencias o espacios de la consulta en la misma posición que están en Tem. Ejemplo Si hay un espacio en la primera plantilla y no en la segunda plantilla, no elimine el espacio.
Ejemplo de archivo de entrada

>Tem1.pdb
------------------------------------------------------------
--------------------------------GETLGEKWKKKLNQLSRKEFDLYKKSGI
TEVDRTEAKEGLKRGETT-HHAVSRGSAKLQWFVERNMVIPEGRVIDLGCGRGGWSYYCA
>Tem2.pdb
------------------------------------------------------------
--------------------------------GRTLGEQWKEKLNAMSREEFFKYRREAI
IEVDRTEARRARRENNIVGGHPVSRGSAKLRWLVEKGFVSPIGKVIDLGCGRGGWSYYAA
>Query_seq
PKFEKQLGQVMLLVLCAGQLLLMRTTWAFCEVLTLATGPILTLWEGNPGRFWNTTIAVST
ANIFRGSYLAGAGLAFSLIKNAQTPRRGTGTTGETLGEKWKRQLNSLDRKEFEEYKRSGI
LEVDRTEAKSALKDGSKI-KHAVSRGSSKIRWIVERGMVKPKGKVVDLGCGRGGWSYYMA

Nuestro archivo debería verse así

>Temp1
--------------------------------GETLGEKWKKKLNQLSRKEFDLYKKSGI
TEVDRTEAKEGLKRGETT-HHAVSRGSAKLQWFVERNMVIPEGRVIDLGCGRGGWSYYCA
>Temp2
--------------------------------GRTLGEQWKEKLNAMSREEFFKYRREAI
IEVDRTEARRARRENNIVGGHPVSRGSAKLRWLVEKGFVSPIGKVIDLGCGRGGWSYYAA
>Query_se
ANIFRGSYLAGAGLAFSLIKNAQTPRRGTGTTGETLGEKWKRQLNSLDRKEFEEYKRSGI
LEVDRTEAKSALKDGSKI-KHAVSRGSSKIRWIVERGMVKPKGKVVDLGCGRGGWSYYMA

Answer 1

Puedes hacer esto en Python:

import re

tem1 = [ "------------------------------------------------------------",
    "--------------------------------GETLGEKWKKKLNQLSRKEFDLYKKSGI",
    "TEVDRTEAKEGLKRGETT-HHAVSRGSAKLQWFVERNMVIPEGRVIDLGCGRGGWSYYCA"
]

tem2 = [ "------------------------------------------------------------",
   "--------------------------------GRTLGEQWKEKLNAMSREEFFKYRREAI",
   "IEVDRTEARRARRENNIVGGHPVSRGSAKLRWLVEKGFVSPIGKVIDLGCGRGGWSYYAA"
]

query  = [ "PKFEKQLGQVMLLVLCAGQLLLMRTTWAFCEVLTLATGPILTLWEGNPGRFWNTTIAVST",
    "ANIFRGSYLAGAGLAFSLIKNAQTPRRGTGTTGETLGEKWKRQLNSLDRKEFEEYKRSGI",
    "LEVDRTEAKSALKDGSKI-KHAVSRGSSKIRWIVERGMVKPKGKVVDLGCGRGGWSYYMA"
]

for line in  range(2):
    if re.search("^-*$", tem1[line]) and re.search("^-*$", tem2[line]):
            tem1.pop(line)
            tem2.pop(line)
            query.pop(line)

print(tem1, tem2, query)

Ahora todo lo que necesita hacer es analizar su archivo de entrada y formatear su archivo de salida.