Necesita crear un archivo con directorios y subdirectorios mientras usa el cli (ventana del símbolo del sistema). Usando caminos relativos.
Respuesta1
El mkdircomando es lo que estás buscando.
Ejemplo:
mkdir directory\subdir\anothersubdir
Respuesta2
Quizás algo como:
mkdir subdir\subdir2
copy NUL subdir\subdir2\newfile
Eso creará subdir\subdir2 (un nuevo subdirectorio y luego un nuevo subdir2 dentro del subdirectorio) desde su ubicación relativa y le dará un archivo de 0 bytes en esa ubicación.