¿Cómo cambiar el nombre de archivos por lotes con el comando de cambio de nombre de Unix?

Question

Tengo archivos cuyos nombres se ven así:

Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.indel.novoalign.sam
Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.indel.bwa.sam

Lo que quiero hacer es reemplazar todos indelcon snplos nombres que dan

Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.snp.novoalign.sam
Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.snp.bwa.sam

Pero ¿por qué no funciona este comando de Unix?

$ rename 's/indel/snp/' *.sam

Answer 1

Porque estás usando el programa de cambio de nombre incorrecto. Este es el correcto.

Answer 2

La utilidad "normal" rename(parte de util-linux) toma 3 o más argumentos (como se menciona en TFM...)

rename FROM TO filespec...

Por lo tanto, usted (probablemente) está buscando:

rename .indel. .snp. *.sam

Pruebe esto primero en un directorio temporal, ya que es posible que esté utilizando otra implementación de rename.

O consulte la página de manual. tos

Answer 3

ls -1 | while read item
do
  mv $item $(echo $item|sed -e s/.indel./.snp./g);
done

Answer 4

renameno hace sedsustituciones de estilo. Este breve script en Perl te permitirá hacer regmv *.sam s/indel/snp/:

#!/usr/bin/perl -w
#
# regmv - Rename files using a regular expression
#
# This program renames files by using a regular expression to
# determine their new name.
#
# Usage: regmv file [file ...] regexp
#
# $Id: regmv,v 1.1 1998/10/14 17:07:55 blrfl Exp $
#

sub at_clean()
{
    my $message = $@;
    $message =~ s|\s+at /.*$||s;
    return $message;
}

(@ARGV > 1)
    || die "Usage: regmv [options] file [file ...] regexp\n";

my $expr = pop @ARGV;

$_ = 'SomeValue';
eval "\$_ =~ $expr";
die "Yuck: " . at_clean() if $@;

foreach (@ARGV)
{
    my $old = $_;

    eval "\$_ =~ $expr";

    next if $_ eq $old;

    (rename $old, $_)
        || die "Rename failed: $!\n";
}