He instalado Active Perl en Windows XP. A través de Perl Package Manager he instalado repositorios de BioPerl. Pero al intentar ejecutar este programa BioPerl:
#!/usr/bin/env perl
use Bio::Seq;
use Bio::SeqIO;
# create a sequence object of some DNA
my $seq = Bio::Seq->new(-id => 'testseq', -seq => 'CATGTAGATAG');
# print out some details about it
print "seq is ", $seq->length, " bases long\n";
print "revcom seq is ", $seq->revcom->seq, "\n";
# write it to a file in Fasta format
my $out = Bio::SeqIO->new(-file => '>testseq.fsa', -format => 'Fasta');
$out->write_seq($seq);
Está ocurriendo el siguiente error
No puedo ubicar Bio/Seq.pm en @INC en C:\Perl\bin\Sequence.pl línea1. BEGIN falló: la compilación se canceló en C:\Perl\bin\Sequence.pl línea1.
¿Cuál es el problema aquí? ¿Cómo puedo identificar si BioPerl está instalado o no?
Respuesta1
Para saber qué módulos ha instalado, abra una terminal y escriba:
ppm query
Esta es una herramienta que viene con Active Perl (consulte laPreguntas frecuentes sobre CPAN).
Además, tenga en cuenta que el "el asunto" ( #!/usr/bin/env perl) que estás usando no funcionará en un sistema Windows. No puedo estar seguro ya que nunca he usado Windows para codificar, pero eso es una cosa del mundo UNIX a menos que Perl activo lo traduzca activamente (lo siento) a cualquier Windows que pueda manejar. con.
Entonces, bioperl no está instalado o su Perl no está configurado correctamente. Perl buscará módulos y similares en los directorios definidos por la variable @INC. Una forma sencilla de comprobar si el directorio relevante está en la lista es ejecutar este pequeño delineador:
perl -e "do{print \"$_\n\"}for(@INC)"
Imprimirá todos los directorios donde Perl buscará sus módulos.
PD. Este puede ser un buen momento para probar Linux...