tengo la siguiente cadena
>gi|374638939|gb|AEZ55452.1| myosin light chain 2, partial [Batrachoseps major]
AAMGR
Repitiendo esporádicamente a lo largo de mi documento y quiero eliminar todo de >gi|37463la secuencia `AAMGR
Pero quiero mantener los bloques donde JQ250aparece:
>gi|374638936|gb|**JQ250**332.1| Batrachoseps major isolate b voucher DBW5974 myosin light chain 2 gene, partial cds
GCNGCCATGGGTAAGTGAACGCGCCGGACCAGACCATTCACTGCATGCAATGGGGGCGTTTGTGGGTTGG
AAGGTGTGCCAAAGATCTAGGGAACCCCAACTCCTCAGGATACGGGTGGGAGCCCTAAAATATGTCCAGC
TATAAGGAGATGACCAATGGAAAAGGGGGTATCAGCAGTACTTTACCTGCTACTATAAGAGAATTGCATC
CTGGGAATAGCCTCTGAAAGGTCCCATTTTAGCGACACTGGTAGATGGACACTGGCCTTTGGACAGCACC
AGTAAGTAGAGCATTGCATCTTGGGATTCCTTTGCTGTTCACATGCCACTGAAAGCTCTCACCATAGCAG
ATTCAAAATGCCTACCCGGCAGGTTGCCAGAAAAGCACTGCATCATGGGAGAACCACTTTTAGTGACAAT
TCTAAGAGATGGGTGTCTCTCTGCCAGGCGCTATTATCCAGAGACCCCAGTATGACGTCGTCATTGCTCC
CAGGTAACCATGTTCTCACCCCCTCTCCCACAGGCCGC
Y elimine solo las líneas que tienenAEZ554
>gi|374638939|gb|**AEZ554**52.1| myosin light chain 2, partial [Batrachoseps major]
AAMGR
Entonces, idealmente el siguiente bloque:
>gi|374638934|gb|JQ250331.1| Batrachoseps major isolate a voucher DBW5974 myosin light chain 2 gene, partial cds
GCNGCCATGGGTAAGTGAACGCGCCGGACCAGACCATTCACTGCATGCAATGGGGGCGTTTGTGGGTTGG
AAGGTGTGCCAAAGATCTAGGGAACCCCAACTCCTCAGGATACGGGTGGGAGCCCTAAAATATGTCCAGC
TATAAGGAGATGACCAATGGAAAAGGGGGTATCAGCAGTACTTTACCTGCTACTATAAGAGAATTGCATC
CTGGGAATAGCCTCTGAAAGGTCCCATTTTAGCGACACTGGTAGATGGACACTGGCCTTTGGACAGCACC
AGTAAGTAGAGCATTGCATCTTGGGATTCCTTTGCTGTTCACATGCCACTGAAAGCTCTCACCATAGCAG
ATTCAAAATGCCTACCCGGCAGGTTGCCAGAAAAGCACTGCATCATGGGAGAACCACTTTTAGTGACAAT
TCTAAGAGATGGGTGTCTCTCTGCCAGGCGCTATTATCCAGAGACCCCAGTATGACGTCGTCATTGCTCC
CAGGTAACCATGTTCTCACCCCCTCTCCCACAGGCCGC
>gi|374638935|gb|AEZ55450.1| myosin light chain 2, partial [Batrachoseps major]
AAMGR
>gi|374638936|gb|JQ250332.1| Batrachoseps major isolate b voucher DBW5974 myosin light chain 2 gene, partial cds
GCNGCCATGGGTAAGTGAACGCGCCGGACCAGACCATTCACTGCATGCAATGGGGGCGTTTGTGGGTTGG
AAGGTGTGCCAAAGATCTAGGGAACCCCAACTCCTCAGGATACGGGTGGGAGCCCTAAAATATGTCCAGC
TATAAGGAGATGACCAATGGAAAAGGGGGTATCAGCAGTACTTTACCTGCTACTATAAGAGAATTGCATC
CTGGGAATAGCCTCTGAAAGGTCCCATTTTAGCGACACTGGTAGATGGACACTGGCCTTTGGACAGCACC
AGTAAGTAGAGCATTGCATCTTGGGATTCCTTTGCTGTTCACATGCCACTGAAAGCTCTCACCATAGCAG
ATTCAAAATGCCTACCCGGCAGGTTGCCAGAAAAGCACTGCATCATGGGAGAACCACTTTTAGTGACAAT
TCTAAGAGATGGGTGTCTCTCTGCCAGGCGCTATTATCCAGAGACCCCAGTATGACGTCGTCATTGCTCC
CAGGTAACCATGTTCTCACCCCCTCTCCCACAGGCCGC
>gi|374638937|gb|AEZ55451.1| myosin light chain 2, partial [Batrachoseps major]
AAMGR
>gi|374638938|gb|JQ250333.1| Batrachoseps major isolate a voucher MVZ:Herp:249023 myosin light chain 2 gene, partial cds
GCCGCCATGGGTAAGTGAACGCGCCGGACCAGACCATTCACTGCCTGCAATGGGGGTGTTTGTGGGTTGG
AAGGTGTGCCAAAGATCTAGGGAACCCCAACTCCTCAGGATACGGGTGGGAGCCCTAAAATATGTCCAGC
TATAAGGAGATGACCAATGGAAAAGGGGGTATCAGCAGTACTTTACTTGCTACTATAAGAGAATTGCATC
CTGGGAATAGCCTCTGAAAGGTCCCATTTTAGCGACACTGGTAGATGGACACTGGCCTTTGGACAGCACC
AGTAAGTAGAGCATTGCATCTTGGGATTCCTTTGCTGTTCACATGCCACTGAAAGCTCTCACCATAGCAG
ATTCAAAATGCCTACCCGGCAGGTTGCCAGAAAAGCACTGCATCATGGGAGAACCACTTTTAGTGACAAT
CCTAAGAGATGGGTGTCTCTCTGCCAGGCGCTATTATCCAAGAGACCCCAGTATGACGTCGTCATTGCTC
CCAGGTAACCATGTTCTCACCCCCTCTCCCACAGGCCGC
>gi|374638939|gb|AEZ55452.1| myosin light chain 2, partial [Batrachoseps major]
AAMGR
Quedaría como justo
>gi|374638934|gb|JQ250331.1| Batrachoseps major isolate a voucher DBW5974 myosin light chain 2 gene, partial cds
GCNGCCATGGGTAAGTGAACGCGCCGGACCAGACCATTCACTGCATGCAATGGGGGCGTTTGTGGGTTGG
AAGGTGTGCCAAAGATCTAGGGAACCCCAACTCCTCAGGATACGGGTGGGAGCCCTAAAATATGTCCAGC
TATAAGGAGATGACCAATGGAAAAGGGGGTATCAGCAGTACTTTACCTGCTACTATAAGAGAATTGCATC
CTGGGAATAGCCTCTGAAAGGTCCCATTTTAGCGACACTGGTAGATGGACACTGGCCTTTGGACAGCACC
AGTAAGTAGAGCATTGCATCTTGGGATTCCTTTGCTGTTCACATGCCACTGAAAGCTCTCACCATAGCAG
ATTCAAAATGCCTACCCGGCAGGTTGCCAGAAAAGCACTGCATCATGGGAGAACCACTTTTAGTGACAAT
TCTAAGAGATGGGTGTCTCTCTGCCAGGCGCTATTATCCAGAGACCCCAGTATGACGTCGTCATTGCTCC
CAGGTAACCATGTTCTCACCCCCTCTCCCACAGGCCGC
>gi|374638936|gb|JQ250332.1| Batrachoseps major isolate b voucher DBW5974 myosin light chain 2 gene, partial cds
GCNGCCATGGGTAAGTGAACGCGCCGGACCAGACCATTCACTGCATGCAATGGGGGCGTTTGTGGGTTGG
AAGGTGTGCCAAAGATCTAGGGAACCCCAACTCCTCAGGATACGGGTGGGAGCCCTAAAATATGTCCAGC
TATAAGGAGATGACCAATGGAAAAGGGGGTATCAGCAGTACTTTACCTGCTACTATAAGAGAATTGCATC
CTGGGAATAGCCTCTGAAAGGTCCCATTTTAGCGACACTGGTAGATGGACACTGGCCTTTGGACAGCACC
AGTAAGTAGAGCATTGCATCTTGGGATTCCTTTGCTGTTCACATGCCACTGAAAGCTCTCACCATAGCAG
ATTCAAAATGCCTACCCGGCAGGTTGCCAGAAAAGCACTGCATCATGGGAGAACCACTTTTAGTGACAAT
TCTAAGAGATGGGTGTCTCTCTGCCAGGCGCTATTATCCAGAGACCCCAGTATGACGTCGTCATTGCTCC
CAGGTAACCATGTTCTCACCCCCTCTCCCACAGGCCGC
>gi|374638938|gb|JQ250333.1| Batrachoseps major isolate a voucher MVZ:Herp:249023 myosin light chain 2 gene, partial cds
GCCGCCATGGGTAAGTGAACGCGCCGGACCAGACCATTCACTGCCTGCAATGGGGGTGTTTGTGGGTTGG
AAGGTGTGCCAAAGATCTAGGGAACCCCAACTCCTCAGGATACGGGTGGGAGCCCTAAAATATGTCCAGC
TATAAGGAGATGACCAATGGAAAAGGGGGTATCAGCAGTACTTTACTTGCTACTATAAGAGAATTGCATC
CTGGGAATAGCCTCTGAAAGGTCCCATTTTAGCGACACTGGTAGATGGACACTGGCCTTTGGACAGCACC
AGTAAGTAGAGCATTGCATCTTGGGATTCCTTTGCTGTTCACATGCCACTGAAAGCTCTCACCATAGCAG
ATTCAAAATGCCTACCCGGCAGGTTGCCAGAAAAGCACTGCATCATGGGAGAACCACTTTTAGTGACAAT
CCTAAGAGATGGGTGTCTCTCTGCCAGGCGCTATTATCCAAGAGACCCCAGTATGACGTCGTCATTGCTC
CCAGGTAACCATGTTCTCACCCCCTCTCCCACAGGCCGC
Respuesta1
Primer paso: asegúrese de estar ejecutando la última versión de Notepad++ (debería funcionar en 6 o superior, probado en 6.1.8) - gracias aBetopara esto. Puede utilizar el modo "Expresión regular" del cuadro de diálogo de buscar y reemplazar de notepad++ para eliminar el texto entre dos marcadores.
Para hacer coincidir todas las líneas que comienzan >gi|37463y terminan con AAMGR, coloque esto en el cuadro "Buscar qué:" >gi\|37463.*AAMGR(\r\n)?, deje el cuadro "Reemplazar con:" vacío, establezca el modo en la parte inferior en "Expresión regular" y asegúrese de que ". coincida con la nueva línea " essin marcar.
Para hacer coincidir solo las líneas que AEZ554contienen, utilice esta cadena de búsqueda
>gi\|37463.*AEZ554.*AAMGR(\r\n)?
Para combinar todo esono contiene JQ250en ellos, utilice esta cadena de búsqueda>gi\|37463(?!.*JQ250).*AAMGR(\r\n)?
Nota:Es posible que deba usarlo \nen lugar de \r\nsi el archivo se creó en Unix/Linux.
Nota 2:Si desea dejar una línea en blanco en el archivo en lugar de eliminarla por completo, elimine (\r\n)?del término de búsqueda.
Nota 3:Si la pregunta fuera "¿Cómo elimino las líneas que contienen AEZ554un archivo de texto?" los siguientes comandos de shell funcionarían (y serían más rápidos):
en Windows XP:type oldfile.txt | find /I /V "AEZ55" > newfile.txt
en Linux/Windows 7:grep -v "AEZ55" oldfile.txt > newfile.txt
De manera similar, "¿Cómo elimino líneas que no contienen JQ250de un archivo de texto?"
type oldfile.txt | find /I "JQ250" > newfile.txt
grep "JQ250" oldfile.txt > newfile.txt