Problemas al crear un archivo de entrada de texto para ejecutable de Linux

Problemas al crear un archivo de entrada de texto para ejecutable de Linux

Estoy ejecutando Ubuntu 16.04.4. Tengo un ejecutable que toma entradas de condiciones iniciales de un archivo de texto, realiza cálculos y genera un archivo de salida. Quiero ejecutar cálculos para una gran cantidad de condiciones iniciales, así que escribí un script en Python (python 3.5.2 ejecutándose en Spyder 3) para crear el archivo de entrada, ejecutar el ejecutable y leer las salidas.

El script parece crear bien el archivo de texto de entrada, pero el ejecutable no reconoce el archivo de entrada a menos que primero abra el archivo de entrada, haga algún tipo de cambio, lo guarde y lo cierre. Por ejemplo, puedo abrir el archivo, eliminar un carácter, reemplazarlo con el carácter original, guardarlo y todo funciona. Por supuesto, esto anula el propósito de automatizar el proceso. ¿Alguna idea sobre la causa?

información relacionada