La ejecución del programa Java (SE) es demasiado lenta en Debian Wheezy... ¿necesito "afinar" la JVM?

Question

Superusuarios.

Escribí un programa de escritorio para ejecutar un proceso de simulación (no vale la pena copiar el código aquí... es un programa bastante largo). Si lo ejecuto en una MacBook Pro (Intel Core i7 2,2 GHz, 4 GB de RAM), tarda aproximadamente una hora en completarse. Sin embargo, cuando ejecuto exactamente el mismo programa en mi escritorio Debian Linux (Intel Core i7, 3,4 GHz, 8 GB de RAM, ejecutando Wheezy 64 bits), ¡me lleva hasta tres horas! ¡Es exactamente el mismo programa! (Por cierto, uso JDK 8 de Oracle en ambas computadoras).

Buscando en Google encontréeste blog, que explica cómo habilitar "páginas grandes" en Linux... Intenté exactamente eso, pero el aumento de rendimiento es mínimo. Antes de hacer algo de lo que pueda arrepentirme, me gustaría recibir orientación:

1. Habilitar "páginas grandes" realmente tiene un impacto en la JVM (específicamente, ¿los programas Java se ejecutan mejor)?
2. ¿Existen otras opciones de "ajuste" que pueda utilizar para acelerar las cosas? (Como puede ver arriba, no es un problema de hardware, el escritorio Debian literalmente vuela cuando realizo otras cosas complejas... pero los programas Java simplemente se arrastran... y me gustaría no tener que reescribirlos en algún otro idioma)

gracias de antemano