Estoy ejecutando un gran trabajo en una HPC. Pero los programas instalados para el trabajo son versiones antiguas y tengo las nuevas versiones en mi directorio de inicio. Puedo iniciar sesión en cualquier nodo, exportar la ruta a las nuevas versiones usando export PATH=/home/bharat/scratch/bin/:$PATH. Sin embargo, no estoy seguro de si exporto la ruta en mi shell de inicio de sesión y envío un trabajo usando bsub, entonces todos los nodos que ejecutan el trabajo utilizarán la ruta recién exportada.
Puedo copiar estos archivos en uno de los directorios de inclusión predeterminados, pero mi administrador de sistemas no está muy interesado en hacerlo por mí pronto..
¿Cuál es la mejor manera ahora de exportar la ruta a todos los nodos? ¿Puedo escribir un script de shell con el comando de exportación + el comando de trabajo y pasar este script a bsub?
Respuesta1
¿Cuál es la mejor manera ahora de exportar la ruta a todos los nodos? ¿Puedo escribir un script de shell con el comando de exportación + el comando de trabajo y pasar este script a bsub?
Sí. Escriba un script (digamos que se llama myscript) que establezca la RUTA y luego inicie su programa. Luego envíe su trabajo con la línea de comando bsub myscript. Se utilizará su instalación local en lugar de la instalación del sistema.
Una opción aún más simple, LSF establecerá las variables de entorno del entorno de envío en el entorno de ejecución, incluida la RUTA.
[mclosson@hostA ~]$ echo $PATH
/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/etc:/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin:/bin:/usr/bin
[mclosson@hostA ~]$ bsub -m hostB -Is 'echo $PATH'
Job <217> is submitted to default queue <interactive>.
<<Waiting for dispatch ...>>
<<Starting on hostB>>
/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin:/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/etc:/bin:/usr/bin
Ahora actualice su ruta para que incluya la instalación local de su programa.
[mclosson@hostA ~]$ export PATH=/tmp/xxx:$PATH
[mclosson@hostA ~]$ bsub -m hostB -Is 'echo $PATH'
Job <218> is submitted to default queue <interactive>.
<<Waiting for dispatch ...>>
<<Starting on hostB>>
/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin:/tmp/xxx:/lsf/9.1/linux2.6-glibc2.3-x86_64/etc:/bin:/usr/bin