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Problemas al instalar Burrows-Wheeler Aligner (Linux)

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Problemas al instalar Burrows-Wheeler Aligner (Linux)

Tengan paciencia conmigo, recién estoy comenzando a usar máquinas virtuales y Linux.

Tengo problemas para instalar BWA (enlace) en mi máquina virtual Linux. He probado varios métodos, las instrucciones más completas que he encontrado son las del departamento médico deCornell, pero probablemente no estoy entendiendo bien lo que quieren que haga.

Descargué la última versión 0.7.9a de sourceforge y la moví a una carpeta en mi directorio de inicio. La ruta al archivo es:

/home/jp/bwa/bwa-0.7.9a.tar.bz2

Luego descomprimí el archivo:

bunzip2 bwa-0.7.9a.tar.bz2

y luego destara el archivo:

tar xvf bwa-0.7.9a.tar

Luego entré al nuevo directorio que creé:

cd bwa-0.7.9a

Luego utilicé el "comando make"

make

Aquí es donde me quedo colgado:

La terminal imprime este error:

jp@jp-VirtualBox:~/bwa$ cd bwa-0.7.9a
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$ dir
bamlite.c   bwase.c     bwtsw2_aux.c    kopen.c    NEWS.md
bamlite.h   bwase.h     bwtsw2_chain.c  kseq.h     pemerge.c
bntseq.c    bwaseqio.c  bwtsw2_core.c   ksort.h    QSufSort.c
bntseq.h    bwtaln.c    bwtsw2.h        kstring.c      QSufSort.h
bwa.1       bwtaln.h    bwtsw2_main.c   kstring.h      qualfa2fq.pl
bwa.c       bwt.c       bwtsw2_pair.c   ksw.c      README.md
bwa.h       bwtgap.c    ChangeLog       ksw.h      utils.c
bwa-helper.js   bwtgap.h    COPYING     kthread.c      utils.h
bwamem.c    bwt_gen.c   example.c       kvec.h     xa2multi.pl
bwamem_extra.c  bwt.h       fastmap.c       main.c
bwamem.h    bwtindex.c  is.c        Makefile
bwamem_pair.c   bwt_lite.c  kbtree.h        malloc_wrap.c
bwape.c     bwt_lite.h  khash.h     malloc_wrap.h
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$ make
gcc -c -g -Wall -Wno-unused-function -O2 -DHAVE_PTHREAD -DUSE_MALLOC_WRAPPERS  utils.c -o utils.o
utils.c:33:18: fatal error: zlib.h: No such file or directory
 #include <zlib.h>
              ^
compilation terminated.
make: *** [utils.o] Error 1
jp@jp-VirtualBox:~/bwa/bwa-0.7.9a$

No estoy seguro de cómo manejar este error. ¿Podrían darnos alguna idea sobre lo que hay que hacer?

Tengo una segunda pregunta relacionada con los siguientes pasos en las instrucciones proporcionadas por el sitio web de Cornell. Se lee,

"Agregue bwa a su RUTA editando ~/.bashrc y agregando

export PATH=$PATH:/path/to/bwa-0.5.9"

He ubicado .bashrc en mi directorio de inicio (puedo verlo usando ls -a en la línea de comando o usando ctrl+h en el explorador). No estoy seguro de cómo editar el archivo para incluir la línea de código adecuada, es decir, ¿lo pego en cualquier parte de ese archivo?

He interpretado sus instrucciones en el sentido de que debería agregar algo como

export PATH=$PATH:/home/jp/bwa/bwa-0.7.9a

Pero no estoy seguro de si eso es correcto.

He instalado una versión mucho anterior (0.5) mediante el siguiente comando.

get-apt install bwa

pero no quiero utilizar una versión desactualizada de este programa.

Cualquier ayuda que puedan brindarme será muy apreciada.

Gracias,

Sistema operativo de la máquina host: Windows 7 Home Premium (64 bits) (Service Pack 1)
Software de la máquina virtual: Oracle VirtualBox versión 4.3.12
Sistema operativo de la máquina invitada: Ubuntu 14.02 (32 bits (no pude hacer funcionar el de 64 bits)

Respuesta1

Parece que le faltan los archivos de encabezado ZLIB.

Intentar:

sudo apt-get install zlib1g-dev

O tal vez:

sudo apt-get install zlib-dev

El primero debería ser el correcto, pero no tengo una máquina Ubuntu para probarlo.

¡Espero que esto solucione tu problema!

EDITAR
Creó una máquina virtual Ubuntu y verificó quesudo apt-get install zlib1g-deves el comando correcto.

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