He usado XMedia Recode para hacer esto y funciona muy bien. Configuré el vídeo para "copiar", el audio para "convertir" y un archivo de 2 GB tarda 2 minutos. Sin embargo, existen dos problemas para el trabajo por lotes. No detecta archivos en subcarpetas y debe especificar la tasa de bits de audio.
Me gustaría poder decir convertir todo en Z:\Videos, heredar la tasa de bits de audio y colocar el archivo llamado "(archivo original) convertido" en la carpeta original. ¿Es eso posible, tal vez usando ffmpeg? Ejecutando Windows 8.1.