¿Cómo eliminar el resto de cada línea después de un patrón determinado en un archivo vcf?

Question

Cómo eliminar los dígitos después de :iniciar sesión en cada línea de un archivo vcf. Ejemplo:

0|0:0.81        0|1:0.81        0|0:0.76        0|0:0.83
0|1:0.99        0|0:0.03        0|0:0.83        0|0:0.2

La salida debería ser:

0|0        0|1        0|0        0|0
0|1        0|0        0|0        0|0

He intentado lo siguiente, pero elimina todo después de la primera:

sed 's/[:].*$//' file.vcf 

Answer 1

Desea eliminar del :y luego tantos caracteres que sean dígitos o puntos como sea posible inmediatamente después de eso:

$ sed 's/:[0-9.]*//g' file.vcf
0|0        0|1        0|0        0|0
0|1        0|0        0|0        0|0

También lo necesita gal final para repetir la sustitución de todas las subcadenas coincidentes en cada línea.

---

Tu comando,

sed 's/[:].*$//' file.vcf 

coincidiría con el primer :carácter, y luegocualquier número de caracteres hasta el final de la línea. Por eso terminas con

0|0
0|1

como salida.

La diferencia entre esta y mi expresión sugerida es .(que coincide con cualquier carácter), a la que cambié para [0-9.]restringir el conjunto de caracteres que realmente queremos eliminar. Tampoco podemos anclar el patrón al final de la línea, $ya que también necesitamos eliminar cosas en el medio de la línea. Y al gfinal, pero eso ya lo mencioné.