Lo tengo configurado para sincronizar correctamente cosas como leer el estado con el servidor, pero eliminar no hace nada. Hay alguna explicación de esto aquí:
https://groups.google.com/forum/#!topic/supmua/cG4L6r7MQME
Pero no he encontrado un ejemplo más concreto. Dado que sup no puede editar carpetas o etiquetas en el servidor (creo), esto puede ser algo que offlineimap tendría que manejar.