Cómo eliminar una parte particular del nombre de archivo para múltiples nombres de archivo en macOS

Question

Tengo estos archivos en un directorio.

Mabel-A10_GTAGAGGA_L001_R1_001.fastq.gz
Mabel-A5_GGACTCCT_L001_R1_001.fastq.gz
Mabel-A11_GCTCATGA_L001_R1_001.fastq.gz
Mabel-A6_TAGGCATG_L001_R1_001.fastq.gz

Quiero que la salida se vea así.

Mabel-A10_L001_R1_001.fastq.gz
Mabel-A5_L001_R1_001.fastq.gz
Mabel-A11_L001_R1_001.fastq.gz
Mabel-A6_L001_R1_001.fastq.gz

Answer 1

Puedes intentar algo como cambiarles el nombre:

for i in *
do
o=$(echo $i|awk -F_ '{print $1,$3,$4,$5}')
mv "$i" "$o"
done

Answer 2

Este script generará comandos de shell que realizan una serie de comandos 'mv' para realizar su tarea:

for FILE in *.fastq.gz
do
    L="${FILE%%_*}_"
    R="${FILE#${L}*_}";
    printf 'mv -vi "%s" "%s"\n' "$FILE" "$L$R"
done

Ejecútelo una vez y examine el resultado. Si hay muchos archivos, es posible que desee utilizarlos lesspara revisar los comandos.

Si todo se ve bien, ejecute el comando nuevamente y canalice la salida a bash.

Funciona estableciendo la variable L en todo lo que queda del primer guión bajo en el nombre del archivo, más el guión bajo mismo. Luego forma una cadena R quitando la cadena en L del frente del nombre del archivo y quitándola hasta el siguiente guión bajo.

mv -vi "Mabel-A10_GTAGAGGA_L001_R1_001.fastq.gz" "Mabel-A10_L001_R1_001.fastq.gz"
mv -vi "Mabel-A11_GCTCATGA_L001_R1_001.fastq.gz" "Mabel-A11_L001_R1_001.fastq.gz"
mv -vi "Mabel-A5_GGACTCCT_L001_R1_001.fastq.gz" "Mabel-A5_L001_R1_001.fastq.gz"
mv -vi "Mabel-A6_TAGGCATG_L001_R1_001.fastq.gz" "Mabel-A6_L001_R1_001.fastq.gz"