Tengo el siguiente código que extrae números de archivos netcdf y cada bucle los coloca en otro archivo netcdf.
mapfile Latitude < <(tr -s ' ' '\n' < final_ADCP_Saved.matLatitude.txt) #tr is transform from to -s is squeeze. So look in the text files for all the spaces and replace them by newline '/n'
mapfile Longitude < <(tr -s ' ' '\n' < final_ADCP_Saved.matLongitude.txt)
echo "length of Lat is ${#Latitude[@]}"
echo "length of Lon is ${#Longitude[@]}"
outputNumber="$(ls -lq *_??????.nc | wc -l)"
echo "the number of output netcdf fles is ${outputNumber}"
valueI=`cat I.txt`
valueJ=`cat J.txt`
arrI=($valueI)
arrJ=($valueJ)
for ((i=1; i<=outputNumber; i++))
do
echo "geknoei$i.nc"
ncrcat -C -F -d nj_u,${arrJ[i]},${arrJ[i+1]} -d ni_u,${arrI[i]},${arrI[i+1]} -v vel_u *_??????.nc gekneoi$i.nc
done
Por problemas de espacio, tuve que comprimir los archivos de entrada y este código ya no funciona. Me preguntaba si podría crear un código que en un bucle descomprima un archivo (uno a la vez), extraiga lo que necesito y luego lo vuelva a comprimir al final del bucle.
Entonces algo como esto:
mapfile Latitude < <(tr -s ' ' '\n' < final_ADCP_Saved.matLatitude.txt) #tr is transform from to -s is search. So look in the text files for all the spaces and replace them by newline '/n'
mapfile Longitude < <(tr -s ' ' '\n' < final_ADCP_Saved.matLongitude.txt)
echo "length of Lat is ${#Latitude[@]}"
echo "length of Lon is ${#Longitude[@]}"
outputNumber="$(ls -lq *_??????.nc | wc -l)"
echo "the number of output netcdf fles is ${outputNumber}"
valueI=`cat I.txt`
valueJ=`cat J.txt`
arrI=($valueI)
arrJ=($valueJ)
for ((i=1; i<=outputNumber; i++))
do
echo "geknoei$i.nc"
gunzip *_??????.nc.gz
ncrcat -C -F -d nj_u,${arrJ[i]},${arrJ[i+1]} -d ni_u,${arrI[i]},${arrI[i+1]} -v vel_u *_??????.nc gekneoi$i.nc
gzip *_??????.nc
done
El problema es que esto descomprime todos los archivos a la vez, lo que ocupará mucho espacio. Si descomprimo un archivo a la vez, mi código ncrcat ya no funcionará, ya que se extrae de todos los archivos .nc descomprimidos disponibles.
¿Cómo descomprimo un archivo .nc a la vez mientras sigo haciendo que la línea ncrcat -C -F -d nj_u,${arrJ[i]},${arrJ[i+1]} -d ni_u,${arrI[i]},${arrI[i+1]} -v vel_u *_??????.nc gekneoi$i.ncfuncione?