Logré instalar rJava ejecutandoR CMD javareconf -e | tee javareconf.out
cat javareconf.out
Java interpreter : /usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/bin/java
Java version : 1.8.0_201
Java home path : /usr/lib/jvm/java-8-oracle
Java compiler : /usr/lib/jvm/java-8-oracle/bin/javac
Java headers gen.: /usr/lib/jvm/java-8-oracle/bin/javah
Java archive tool: /usr/lib/jvm/java-8-oracle/bin/jar
trying to compile and link a JNI program
detected JNI cpp flags : -I/usr/lib/jvm/java-8-oracle/include -I/usr/lib/jvm/java-8-oracle/include/linux
detected JNI linker flags : -L/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server -ljvm
gcc -std=gnu99 -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG -I/usr/lib/jvm/java-8-oracle/include -I/usr/lib/jvm/java-8-oracle/include/linux -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-1SEA_D/r-base-3.5.1=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c conftest.c -o conftest.o
gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o conftest.so conftest.o -L/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server -ljvm -L/usr/lib/R/lib -lR
The following Java variables have been exported:
JAVA_HOME JAVA JAVAC JAVAH JAR JAVA_LIBS JAVA_CPPFLAGS JAVA_LD_LIBRARY_PATH
Running: /bin/bash
También instalé el paquete rJava desde R ( install.packages("rJava")). Y ahora puedo usar rJava desde R, pero no desde RStudio.
Intenté cambiar LD_LIBRARY_PATH para incluir la biblioteca Java y luego instalar rJava desde RStudio, pero no tuve éxito.export LD_LIBRARY_PATH="/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server:$LD_LIBRARY_PATH"
Lo interesante es que si abro RStudio sudo rstudio kill-allfunciona como en R, pero si abro RStudio haciendo clic en un ícono en mi Dock, aparece el siguiente error:
> library(rJava)
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’:
.onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
error: unable to load shared object '/home/kzkedzierska/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/rJava/libs/rJava.so':
libjvm.so: cannot open shared object file: No such file or directory
Intenté reinstalar RStudio ( sudo apt purge rstudioy eliminar manualmente los directorios .rstudio que quedaron en mi directorio de inicio) pero esto no ayudó...
¿Alguna idea de qué puedo hacer para solucionar este problema?
EDITAR:
ahora veo que el problema es que R CMD javareconf no cambió las rutas para RStudio, desde el registro de instalación de rJava desde RStudio:
checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/lib/jvm/default-java/bin/java'
archiver : '/usr/lib/jvm/default-java/bin/jar'
compiler : '/usr/lib/jvm/default-java/bin/javac'
header prep.: ''
cpp flags : '-I/usr/lib/jvm/default-java/include -I/usr/lib/jvm/default-java/include/linux'
java libs : '-L/usr/lib/jvm/default-java/lib/server -ljvm'
checking whether Java run-time works... ./configure: line 3766: /usr/lib/jvm/default-java/bin/java: No such file or directory
no
configure: error: Java interpreter '/usr/lib/jvm/default-java/bin/java' does not work
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
* removing ‘/home/kzkedzierska/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/rJava’
¿Alguna idea de cómo cambiarlos? ¿Equivalente a correr R CMD javareconf -epero en Rstudio?
