Estoy intentando instalar un paquete que incluye "bzlib.h" para poder instalar el software "AmberTools14"/"Amber14" en mi directorio personal en un servidor remoto, pero como no tengo acceso root, No puedo usar el comando yum install bzip2-devel-1.0.5-7.el6_0.x86_64para instalar este paquete. ¿Cuál es la forma más fácil para mí de instalar este paquete y tenerlo accesible cuando intento compilar/instalar Amber14 usando compiladores Intel?
No estoy muy familiarizado con cómo funciona el software de compilación o para qué sirven los paquetes en general, por lo que no estoy seguro de si es posible o tiene sentido descargar el archivo rpm desde este enlace (https://centos.pkgs.org/6/centos-x86_64/bzip2-devel-1.0.5-7.el6_0.x86_64.rpm.html) y luego usando el programa WinSCP en Windows, podría transferirlo a mi directorio personal en el servidor remoto, instalar el archivo rpm de alguna manera para que se instale el archivo "bzlib.h", y luego, cuando estoy compilando/instalando Amber14, ¿podría indicar la ruta donde se instaló bzlib.h en mi directorio de inicio para que pueda encontrarlo? ¿Tiene eso algún sentido? Y si es así, ¿cómo instalaría el archivo rpm una vez que lo haya movido con WinSCP al servidor remoto?
Ejecuté algunos comandos para obtener información sobre el sistema en caso de que esto sea útil.
Comando: Salida: Comando uname -s
Linux : Salida: 2.6.32-696.23.1.el6.centos.plus.x86_64 Comando: Salida: #1 SMP Miércoles 14 de marzo 11:51:06 UTC 2018 Comando: Salida: x86_64 Comando: Salida: Comando x86_64 : Salida: Comando x86_64 : Salida: GNU/Linuxuname -runame -vuname -muname -puname -iuname -o
Comando: gcc --version
Salida: gcc (GCC) 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-18) Copyright (C) 2010 Free Software Foundation, Inc. Este es software gratuito; consulte la fuente para conocer las condiciones de copia. NO hay garantía; ni siquiera por COMERCIABILIDAD o IDONEIDAD PARA UN FIN DETERMINADO.
Comando: icc --version
Salida: icc (ICC) 16.0.2 20160204 Copyright (C) 1985-2016 Intel Corporation. Reservados todos los derechos.
La razón por la que quiero intentar instalar el paquete "bzlib.h" es porque intenté instalar AmberTools14/Amber14 de acuerdo con las instrucciones de este enlace (http://jswails.wikidot.com/installing-amber14-and-ambertools14) excepto que usé el comando ./configure intelen lugar de ./configure gnu, pero recibí el siguiente error:
Comprobando libbz2: testp.c(2): error catastrófico: no se puede abrir
el archivo fuente "bzlib.h"
#include "bzlib.h"
^
compilación cancelada para testp.c (código 4)
./configure2: línea 2079: ./ testp: No existe tal archivo o directorio
No encontrado.
Así que creo que mi instalación del software Amber14 terminó teniendo algunos problemas, y tal vez la falta de bzlib.h podría ser parte de la razón por la que no puedo usar partes del software.
Además, como creo que estoy usando Centos 6, desde este enlace hay instrucciones sobre qué paquetes necesito instalar Amber (http://ambermd.org/Installation.php), me preguntaba si alguien podría darme algún consejo sobre cómo podría seguir las instrucciones a continuación para instalar todos estos paquetes sin acceso de root o usando "yum".
CentOS 6 La instalación de Amber en un nodo CentOS 6 Linux es un poco complicada ya que el compilador GNU predeterminado ahora es demasiado antiguo para compilar el código fuente. El procedimiento recomendado es instalar una versión más reciente utilizando la colección de software Developer Toolset (devtoolset).
yum -y install tcsh make \ which flex bison patch bc \ libXt-devel libXext-devel \ perl util-linux wget bzip2 \ bzip2-devel zlib-devel
# actualice a un gcc más nuevo yum -y install centos-release-scl yum -y install devtoolset-8 luego, en su terminal, acceda al compilador GNU más nuevo usando:
fuente /opt/rh/devtoolset-8/enable
Vi un comentario en este enlace (https://askubuntu.com/questions/339/cómo-puedo-instalar-un-paquete-sin-acceso-root) sobre la instalación de un programa llamado "JuJu" y tal vez esto pueda ayudarme a instalar todos los paquetes que necesito, pero estoy muy confundido sobre cómo funciona y cómo instalarlo ya que todavía no entiendo realmente el significado de los términos. kernel/distribution/package/library/compiler/rpm/dependencies/repository/environment y cómo se relacionan exactamente, así que si alguien pudiera explicar esto, ¡realmente lo agradecería!