Según tengo entendido, mysql no es compatible con Python 3. Probé varios métodos en Google para degradar mi versión de Python, como ejecutar
conda install python=2.7.12
Pero esto no funcionó. Necesito usar específicamente mySQL mientras intento ejecutar RepeatModeler (herramienta bioinformática) para analizar algunos datos genómicos. ¿Alguien puede ayudarme con esto? Llevo un tiempo intentando solucionar este problema. ¡Gracias!
Respuesta1
No lo haces.
Python 2 y 3 son en realidad lenguajes/tiempos de ejecución diferentes
Si llamas a Python, es Python2, y si necesitas Python 3, es Python 3.
en ubuntu 18.04 por ejemplo
invocar Python directamente te da
geek@heckate_router:~$ python
Python 2.7.15+ (default, Jul 9 2019, 16:51:35)
[GCC 7.4.0] on linux2
mientras python3
te dio
geek@heckate_router:~$ python3
Python 3.6.8 (default, Aug 20 2019, 17:12:48)
[GCC 8.3.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
Básicamente, Python 2 y 3 pueden coexistir y lo hacen. A menos que necesites una versión específica, en cuyo caso quizás quieras algo como virtualenv. Configurar eso está algo fuera del alcance de mi respuesta.
En cuanto a mysql
La instalación del metapaquete del servidor mysql instala los siguientes paquetes
The following additional packages will be installed:
libcgi-fast-perl libcgi-pm-perl libevent-core-2.1-6 libfcgi-perl
libhtml-template-perl mysql-client-5.7 mysql-client-core-5.7
mysql-server-5.7 mysql-server-core-5.7
No hay ningún requisito de Python para ello. Parece que hay bibliotecas python y python 3 para mysql... pero mirandopágina de github de repetir modelo, parece estar basado en Perl sin requisitos previos de Python.
Prácticamente estás viendo el problema de manera incorrecta.
Curiosamente esa página de github dice
ADVERTENCIA: Hay una bioconda y un paquete acoplable flotando que informan que tienen un paquete RepeatModeler funcional. Ninguno de los dos funciona correctamente. Por el momento recomendamos instalar este programa como se describe a continuación.
Por lo tanto, el problema podría estar en otra parte, posiblemente con el repositorio de anaconda que está utilizando.