Parece que no puedo importar archivos .reg a menos que los abra directamente. Estaba creando un archivo sfx con WinRAR e intenté que importara silenciosamente mi archivo .reg, pero no importa qué, se niega a hacerlo. Hice que el archivo se ejecutara como administrador, verifiqué que regedit puede encontrar el archivo eliminando el modificador de la línea de comando /s e incluso con el mensaje todavía no lo importa. Algo similar sucedió una vez cuando intenté ejecutar un .reg desde Notepad++ con el complemento RunMe.
EDITAR: No importa, esto parece ser un problema con la configuración de la política de seguridad local. Si alguien más encuentra este extraño problema, intente restablecerlo.