Encontré la respuesta en¿Por qué Chromium omite /etc/hosts y dnsmasq?pero está desactualizado y las instrucciones sobre sus respuestas ya no funcionan.
Tengo un servidor DNS BIND local, donde tengo muchos dominios bloqueados. Funciona en todo, excepto en Chrome.
Entiendo que Chrome tiene sus propios cachés, y afirma que están destinados a acelerar la carga de las páginas, pero claramente estos cachés que pasan por alto la configuración del servidor DNS no apuntan a la velocidad, sino a evitar los bloques de anuncios.
Settings > Advanced > Privacy > Preload pages for faster browsing and searchingaquí siempre ha estado deshabilitado. chrome://net-internals/#dns > chear host cachetampoco funcionó.