¿Clasificar líneas de archivos numéricamente por cromosoma?

Question

Tengo datos de variantes genéticas con varias columnas, actualmente mis variantes/líneas están en el orden incorrecto y deben ordenarse por cromosoma. Probé algunas formas de hacer esto usando respuestas de preguntas similares, pero ninguna funciona y, en su mayoría, me dan archivos vacíos.

actualmente mi orden de cromosomas es:

1
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
2
20
21
22
3
4
5
6
7
8
9

Estas líneas deben ordenarse en orden ascendente del 1 al 22.

He intentado:

sort -k 1,1 -k2,2n file.avinput > test.avinput

sortBed -i file.avinput >  test.avinput 

sort -k1,1V -k2,2g file.avinput > test.avinput

bedtools sort -g file.bed> test.avinput #gives *ERROR: Need -i BED file.

Estos se ejecutan, pero cuando lo intento head test.avinputno me da nada, o cuando verifico awk '{print $1}' test.avinput | sort -uel pedido sigue siendo incorrecto. ¿Qué más puedo intentar para cambiar esto?

Un ejemplo de cómo se ven un par de líneas es este:

File.avinput: Las columnas n.° 3 son cromosomas, inicio y final; no tengo encabezado

1    10  11
10   200 201
2    20   21
22   2000 2001

Salida ordenada esperada

1    10  11
2    20   21
10   200 201
22   2000 2001

Actualmente, intentar cualquier forma de uso sort -nme da un archivo vacío.

Answer 1

ACTUALIZADO según la tarea modificada.

Archivo file1con tus datos creado:

$ cat file1
1    10  11
10   200 201
2    20   21
22   2000 2001

Ahora ordenamos las líneas del archivo y escribimos los resultados en file2:

$ cat file1|sort -n > file2

O incluso podemos simplificarlo:

$ sort -n file1 > file2

Comprobando los resultados en file2:

$ cat file2
1    10  11
2    20   21
10   200 201
22   2000 2001