¿Que esta mal aquí?
for file in ffn* do;
rename 's/ffn//' ffn*;
done
Hay un error en la sintaxis.
Respuesta1
El punto y coma está en el lugar equivocado. Intentar:
for file in ffn*; do
rename 's/ffn//' "$file"
done
o, como rename
puede tomar muchos archivos a la vez, intente:
rename 's/ffn//' ffn*