¿Cómo reemplazar una cadena coincidente en un archivo con una cadena coincidente en otro archivo?

Question

Tengo un archivo como este:

head cleandata.map
1   1:775852:T:C    0   775852
1   1:1120590:A:C   0   1120590
1   1:1145994:T:C   0   1145994
1   1:1148494:A:G   0   1148494
...

Y otro archivo:

head lifted.map
1   1:775852:T:C    0.0 785989
1   1:1120590:A:C   0.0 1130727
1   1:1145994:T:C   0.0 1156131
1   1:1148494:A:G   0.0 1158631
...

Lo que quiero cambiar es cleandata.map, que se vería así:

1   1:785989:T:C    0   785989
1   1:1130727:A:C   0   1130727
1   1:1156131:T:C   0   1156131
1   1:1158631:A:G   0   1158631
...

Entonces, si la fila en la segunda columna de lifting.map coincide con la fila de la segunda columna de cleandata.map, reemplace la fila en la segunda y cuarta columna y de cleandata.map con el valor de la cuarta columna en lift.map.

Answer 1

Intentar

$ awk 'FNR==NR {T[$2] = $4; next} $2 in T {gsub ($4, T[$2])} 1' file2 file1
1   1:785989:T:C    0   785989
1   1:1130727:A:C   0   1130727
1   1:1156131:T:C   0   1156131
1   1:1158631:A:G   0   1158631