¿Cómo redirigir archivos de salida de un programa?

¿Cómo redirigir archivos de salida de un programa?

Tengo la siguiente distribución de archivos:

samuel@samuel-TM1607:~/Documents/Fisica/19-20/Radiactividad/Prácticas/Practicas-onteCarlo0/GAMMA/prueba$ ls ../
detector-1.in  GAMMA-Resultados  penmain-mac.x    prueba
detector.geo   NaI.mat           penmain-W32.exe
Fe.mat         penmain-linux.x   penmain-W64.exe

Quiero ejecutar "penmain-linux.x", que necesita leer todos los demás archivos que no son ejecutables y el ".in" como entrada. Quiero que todos los archivos de salida vayan a la carpeta "prueba".

Ya intenté ejecutarlo desde "prueba" de la siguiente manera:

samuel@samuel-TM1607:~/Documents/Fisica/19-20/Radiactividad/Prácticas/Practicas-onteCarlo0/GAMMA/prueba$ ../penmain-linux.x < ../detector-1.in

pero lo entiendo

   Initialising PENGEOM ...
At line 275 of file pengeom.f (unit = 15, file = 'detector.geo')
Fortran runtime error: End of file

Lo cual supongo que se debe a que los otros archivos de entrada que el programa llama desde adentro no están en la carpeta "prueba".

Entonces, ¿cómo puedo hacerlo?

¡Gracias de antemano!

EDITAR: Si ejecuto el programa tal como está, obtengo todos los archivos en la misma carpeta que la imagen:

Carpeta después de ejecutarla.

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