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mover archivos que contienen un patrón un cierto número de veces

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mover archivos que contienen un patrón un cierto número de veces

Tengo muchos archivos (con .fnaextensión). Necesito moverlos, si contienen el personaje.>un cierto número de veces.

Sé qué archivos contienen>un cierto número de veces (9 veces en este ejemplo) con este comando.

grep -c ">" *.fna | grep ":9"

Lo que da una salida como esta

5242_ref.fna:9
9418_ref.fna:9

Pero no sé cómo mover esos archivos a otra carpeta.

Gracias.

Respuesta1

Combinando egrep(llamado con la -lopción para que las coincidencias positivas devuelvan solo nombres de archivos) conxargspuedes realizar comandos arbitrarios basados ​​en coincidencias de texto:

[gnubeard@mothership: ~/mver]$ ls
destination  example.fna  non_example.fna
[gnubeard@mothership: ~/mver]$ cat example.fna
>>>>>>>>>
[gnubeard@mothership: ~/mver]$ cat non_example.fna
<<<<<<<<<
>>
[gnubeard@mothership: ~/mver]$ egrep -l '>{9}' *.fna | xargs -I{} mv {} destination/
[gnubeard@mothership: ~/mver]$ ls
destination  non_example.fna
[gnubeard@mothership: ~/mver]$ ls destination/
example.fna

Editar: esto no coincide con archivos con una cierta cantidad de instancias de un carácter, si están separados por otros caracteres o nuevas líneas. He creado este breve script que debería funcionar como se desea.

#! /usr/bin/env bash

DESTINATION=./destination
MATCH_CHAR='>'
MATCH_COUNT=9

for FILE in $1; do
  MATCHES=$(grep -o $MATCH_CHAR $FILE | wc -l)
  if [ $MATCHES -eq $MATCH_COUNT ]; then
    mv $FILE $DESTINATION
  fi
done

Ejemplo:

[gnubeard@mothership: ~/mver]$ ls
destination  example.fna  mver  non_example.fna
[gnubeard@mothership: ~/mver]$ cat example.fna
>>
>>foo>>bar>>>baz
[gnubeard@mothership: ~/mver]$ cat non_example.fna
<<<<<<<<<
>>
[gnubeard@mothership: ~/mver]$ ./mver *.fna
[gnubeard@mothership: ~/mver]$ ls destination/
example.fna
[gnubeard@mothership: ~/mver]$ ls
destination  mver  non_example.fna

Respuesta2

Podrías usar zsh con suexpresión-como-calificador-globpara seleccionar archivos que solo tengan nueve de estos símbolos:

$ hasnine() { [[ $(tr -dc '>' < "$REPLY" | wc -c) -eq 9 ]]; }
$ mv *.fna(+hasnine) location/

La primera línea define una función cuyo propósito es crear un filtro verdadero/falso para archivos que contienen nueve >símbolos. El trcomando actúa sobre su entrada, esperada en la REPLYvariable, eliminando todo lo que no sea un >, luego solicita wccontar el número de caracteres resultantes y luego compara esa salida con 9.

La segunda línea ejecuta el mvcomando para hacer coincidir los archivos *.fna con el locationdirectorio (ejemplo). Los archivos *.fna coincidentes también deben pasar el calificador de expresión, que se proporciona como el nombre de la función que definimos.

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